《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前，永安当的一个叫景天的伙计，随着一对玉玦的互相吸引，遇到了刁蛮的堂堂唐家大小姐。渝州出现了咬人的毒人，景天和雪见在五毒兽花楹的帮助下，和蜀山大弟子徐长卿一起消灭了毒人，却引得雪见无家可归。魔尊重楼纠缠着凡人景天，给了他一把魔剑并要求比武，可魔剑里居然蹦出来一个女孩拉着景天喊王兄。蜀山五老派景天和徐长卿去找五灵珠，上天界消灭五老邪灵，征途漫漫……
事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。
神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。
重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。
两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败……
光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门新安当铺伙计景天。
一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及霹雳堂的毒人事件之中，而后与蜀山大弟子长卿被蜀山派往天界天池销毁五位长老的邪念，但是由于长卿的一时心软，却给六界带来了一场劫难……
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