第 一 话 奇幻之旅，神秘岛
七个好朋友太一、阿和、小空、光子郎、阿丈、美美、阿武在郊外露营，突然一场大风雪来临。大风雪过后，七人意外地发现自己身上有一个类似数码钟的仪器，然后孩子们受到一种奇怪光线的牵引来到了一个陌生的地方，而且每个人都有一个自称是数码暴龙的生物同伴。突然孩子们受到数码暴龙古加兽的攻击，并被逼到悬崖。尽管实力悬殊，但七只数码暴龙仍然为保护孩子们而奋力战斗。孩子们很感动，神秘仪器突然发出光芒，七只数码暴龙突然进化了！他们的实力加强了许多，齐心协力终于打倒了古加兽。正当大家庆祝胜利时，古加兽又站起来了，并将孩子们推下悬崖……
第 二 话 爆裂进化，暴龙兽
危机时刻，哥玛兽召唤出鱼类救了所有人，孩子们讨论了一下关于这里以及数码暴龙的事，但谁也不知晓。然后孩子们来到海边，居然发现了电话亭，但每个电话都不停地重复讲奇怪的内容，而且都打不通。数码暴龙们为了孩子们，决定自己找食物，不动用孩子们的口粮。可太一却给了亚古兽一点。这时，贝壳兽出现了。除了亚古兽外，所有数码暴龙都因为没力气不能战斗。亚古兽最后不敌贝壳兽，太一为救他也被抓住。最后神秘仪器再次发光，亚古兽进化成暴龙兽并把贝壳兽赶走了。
第 三 话 灰狼，加鲁鲁兽
太一不明白为什么亚古兽进化后又退化，大家都不知道。进入森林后，他们突然看见两只性格温顺的角龙兽在打架。随后大家在湖心小岛上发现了一个的无人电车，阿和这时想到阿武是他的亲弟弟，只是父母离异。于是大家决定在那里过夜。当太一在守夜时，无意踩中连在小岛上的海龙兽的尾巴，致使它疯狂起来。阿武不小心掉入水中，阿和为救他而被海龙兽抓住，陷入险境。最终加布兽进化成了加鲁鲁兽，打败了海龙兽。之后太一发现了数码暴龙进化的条件。
第 四 话 炙热，巴多拉兽
比丘兽总是话不停，引起小空的不满。孩子们离开森林，来到磁粉沙漠，太一用望远镜发现了比高兽的村庄。然而水井里面突然喷出火来。水源所在地密哈拉西山的守护者火焰兽发狂似的冲了下来。比丘兽在疏散比高兽的时候落在了最后，遭到火焰兽的攻击从小山上掉了下来。小空立即冲过去抱住她。其他数码暴龙用火焰攻击火焰兽时反而使它越变越大。后来火焰兽准备跳下去时，比丘兽保护小空的决心使她进化成巴多拉兽，最终打败火焰兽。从火焰兽身子里飞出一个黑色齿轮，原来是它在作怪，之后一切安然无恙。
第 五 话 电光，比多兽
光子郎没有电池的笔记本电脑突然有电，大家非常奇怪。太一他们到了一间无人工厂，所有机器都将零件组装后再分解。光子郎进入了一个墙壁上写满了古怪文字的巨型电池型的动力室，后来他将其中一个字一划抹去，突然整间工厂停电，当光子郎将那一划添上，电力由恢复了。光子郎想尝试分析那个程序，但因为甲虫兽突然发热而停止了。另一方面，受黑色齿轮影响的安杜路兽追杀太一他们，虽然亚古兽及加布兽都进化了，但始终打不过完全体的安杜路兽。光子郎再次尝试执行那个程序，甲虫兽进化成为比多兽，并将安杜路兽打败，黑色齿轮又再次被粉碎了。当大家从下水道出去时，光子郎的电脑又突然没电不能用了。
第六话 巴鲁兽忍无可忍的进化
离开了下水道之后，太一他们因为遇到一大群的鼻涕兽而各自逃亡，美美遇上发狂的熊仔兽。但经由于鼻涕兽的帮助而逃过一劫。之后美美和巴鲁兽进入了玩具城，但是发现太一他们十分异常，像没有了感觉一样，而且跟随他们的数码暴龙也不知去向。 在一间屋子里，她们找到了亚古兽们，但却被锁着。美美从它那里得知，其他人原来都被熊仔兽拿掉了感觉。之后熊仔兽发现并攻击美美，鼻涕兽为了要保护美美而组成防护墙。巴鲁兽非常感动，于是进化成为仙人掌兽，击败熊仔兽。原来熊仔兽也是因为受了黑色齿轮影响而将人类变成了玩具的玩具，最后熊仔兽给了他们真正的爱心一击来作补偿。
第七话 咆哮，海狮兽
阿丈因为认为吃蛋只能加盐而被哥玛兽说死板。晚上，太一与阿和为是否上无限山而争执，阿丈越帮越忙。阿丈认为自己是七人中最大的却帮不了忙自责，于是深夜与哥玛兽上山。黎明时，亲眼目睹了黑色齿轮进入温顺的独角马兽使它发狂。太一他们赶到后却不敌独角马兽。阿丈欲将独角马兽的黑色齿轮取下来，却被其甩下。哥玛兽及时进化成海狮兽救下阿丈并打碎黑色齿轮，使独角马兽清醒过来。当孩子们登上了山顶时，却发现这里是一座孤岛。
第八话 黑暗使者，恶魔兽
正义的狮子兽被恶魔兽灌入黑暗力量失去意念，和奥加兽一起袭击孩子们。但他们不敌六只成熟期，于是逃走。后来恶魔兽推下石头想攻击他们，也未成功。孩子们发现了一间大别墅，由于亚古兽他们太疲累，所以只好在那里过夜。夜里当亚古兽在厕所时，被狮子兽和奥加兽袭击，而且大别墅原来是恶魔做出的幻觉。太一面临危险时，神秘仪器发出光芒，驱散了狮子兽体内的黑暗力量并使他回复正常。然而当太一得救漂走后，狮子兽再次受到恶魔兽的控制。
第九话 冲撞，冷冻系数码暴龙
太一和亚古兽漂流到一个冰岛，发狂的雪人兽袭击他们，亚古兽将雪人兽的黑色齿轮弄走后。雪人兽告诉太一阿和跌到了另一个岛，而且为报答太一，为他建起了一条冰桥到阿和那个岛。 另一方面，阿和为寻找阿武，在风雪里感冒了， 加布兽脱下自己的毛皮为阿和取暖，因而自己也得了感冒。太一，亚古兽到达后，雪人兽去找草药。 太一及阿和因意见不合而吵架，滑了下山，幸得雪人兽经过而得救。 后来毛人兽袭击他们，暴龙兽和加鲁鲁兽使它回复正常。 战斗时一座山无意中被撞裂，露出黑色齿轮。加鲁鲁兽往那里喷射火焰使小岛飘回了法易路岛中心。
第十话 守护者，人马兽
美美受到大便兽的指引而遇到光子郎，光子郎在遗迹里研究。但他专心致志令美美发怒，和甲虫兽进入了遗迹的迷宫，光子郎发觉后便指引美美走出迷宫，但美美遇到人马兽，走头无路， 光子郎将墙壁打破，巴鲁兽及甲虫兽的进化后使人马兽恢复正常。突然狮子兽出现并袭击他们，神秘仪器发出光芒再次使狮子兽停止攻击。他们得知神秘仪器原来是暴龙机，蕴藏着巨大的能量。光子郎研究怎样可以黑色齿轮停止运行，美美无意中踢向齿轮的一脚，除了令小岛飘回法易路岛外，还令光子郎明白实际行动比理论更重要。
第十一话 跳舞的鬼，猛鬼兽
阿丈和哥玛兽在海上漂流时受到奥加兽袭击，哥玛兽由于吃了东西有体力于是进化成海狮兽并将其击败，但随后由于消耗了体力退化使他们跌了下海，之后小空及比丘兽将他们救起。他们进入了一间教堂，那里的人突然变成了猛鬼兽，抓住了他们。歌玛兽和比丘兽用智慧拿到了食物，恢复了体力，然后进化。在阿丈念佛经削弱了猛鬼兽的力量的情况下，终于打败了猛鬼兽。
第十二话 前进吧，我的好朋友巴达兽
阿武和巴达兽到了一个充满光鲜色彩，趣致图形以及很多幼年期的数码暴龙的村落。他们因为照顾方法不当致使幼年期数码暴龙及数码蛋的保姆——艾力兽非常不高兴。他与巴达兽打起来，由于幼年期数码暴龙受到战斗的影响而哭起来。巴达兽和艾力兽不打不相识，终于成为了朋友。这时，无限山上的恶魔兽正在阴谋着……
第十三话 天使兽，觉醒吧
阿武和巴达兽受到狮子兽奥加兽夹击，太一、阿和、光子郎和美美及时赶到。他们的数码暴龙全部进化。这时，更多的黑色齿轮进入了狮子兽的身体令他实力大增。孩子们利用暴龙机逼出黑色齿轮使狮子兽恢复正常。最后，七人和狮子兽共同上无限山，看到吸收了无数黑色齿轮变得极其巨大的恶魔兽，六只成熟期数码暴龙也不敌。千钧一发之际，巴达兽进化成天使兽，用所有数码暴龙的力量与恶魔兽同归于尽。天使兽消失后，留下了一个数码蛋，原来它必须从蛋里再出生一次。
第十四话 航向新大陆
太一他们从一个立体影象机见到了一个自称玄内的老人。他让孩子们出海去一个很远的大陆，而且他说在路上有进化钥匙，在大陆上还有徽章可以使数码暴龙进一步进化成完全体。他还将地图输入了光子郎的电脑里。之前遇到的数码暴龙都来帮忙制造木筏，很快就能出发了。这时数码蛋破裂，浮游兽诞生。孩子们在漂流的途中遇到巨鲸兽，太一将它肚子里的黑色齿轮弄下来后，它带孩子们到了海底。孩子们在那里打败了钻地兽，并找到了进化钥匙。
第十五话 悟空兽的诡计
太一等人上岸后，来到滚球兽的村庄，然而那里都是柏古兽。浮游兽在吃了点东西后进化成了迪哥兽。晚上，柏古兽将迪哥兽带到了一个瀑布后面，那里全是被关着的滚球兽。第二天，大家到处去找迪哥兽，亚古兽走到瀑布那里时，被加支兽攻击。他敌不过，便向瀑布发射火球以做信号。太一发现后，急忙赶过来，让亚古兽进化成暴龙兽打败加支兽。然而这时，第二个敌人悟空兽利用立体影象出现在大家面前，用“爱之小夜曲”令所有数码暴龙都失去了力量。滚球兽们将孩子们带到一个墙壁前，太一将进化钥匙放在上面，墙壁变成了勇气的徽章进入了进化钥匙，然后孩子们出了山洞。
第十六话 错误进化，丧尸暴龙兽
光子郎总结以往的进化，认为首先数码暴龙要有充足的体力，还有就是同伴遇到危险。太一便不停地给亚古兽喂东西吃。小空说以前他能很冷静地观察周围，但现在却不是。随后孩子们来到一竞技场，被悟空兽关住，暴龙兽被迫与另一只冒牌的暴龙兽角斗。由于吃太多东西发不出必杀技，暴龙兽被打倒。这时阿丈发现地上有徽章的图案，并且变成了诚实徽章进入了进化钥匙，一条通道出现。出来后，太一故意让自己处于险境，逼迫暴龙兽进化。勇气徽章终于发光，然而发出的却是黑色的光，暴龙兽黑暗进化成丧尸暴龙兽，失去理智地到处破坏。最终消耗了所有体力退化成l滚球兽……
第十七话 冒牌船长，巨鸡兽
玄内老人通过立体影象机告诉太一他们必须对数码暴龙有正确的培育方法，否则会不正确地进化，但他们还是不太不明白。随后他们上了一艘船。悟空兽的手下巨鸡兽将所有男孩捉起并将他们的数码暴龙变成石头，然后去袭击正在洗澡的小空和美美，但她们提前逃走了。还好巴多拉兽和仙人掌兽打败了巨鸡兽，救了所有人和数码暴龙。他们迅速逃下船，巨鸡兽驾驶大船追向他们。最后，一个巨型仙人掌救了他们。而且那棵仙人掌开了花，出现了美美的纯真徽章。此时他们都很迷茫，不知道应该怎样去用。
第十八话 沙漠使者，妖精兽
一只古加兽出现并袭击太一他们，太一害怕不愿让亚古兽再进化，后来妖精兽出现将他们救了。妖精兽带他们到他的结界并训练小朋友和数码暴龙们。晚上，阿和与光子郎出了结界在井内发现了他们的友情徽章和知识徽章，此时却被悟空兽发现，它并派巨龙兽袭击他们。太一和亚古兽经过妖精兽的特别训练而回复了进化的自信，亚古兽进化成暴龙兽并非常轻易地将巨龙兽打败。
第十九话 是敌是友？分子兽
光子郎接到一封邮件，并根据邮件找到了阿武的爱心徽章。而且在那个山洞里发现了一些文字记载，光子郎分析了那些文字，总结出数码世界是在现实世界网络的基础上建立的世界。所有事物都由数据组成。这令太一认为即使数码世界的自己死了，现实世界的自己也会没事。孩子们潜入悟空兽的基地救邮件的发出者，发现是分子兽。当大家救出分子兽时，它告诉大家自己只是为报复悟空兽，随后抓走小空和比丘兽。当太一想不顾一切救回小空时，光子郎告诉他如果在这里死掉的话，在现实世界也会死。太一没办法只好目送小空被抓。
第二十话 完全体超进化，机械暴龙兽
太一和光子郎从暗道跟踪分子兽。太一鼓足勇气战胜死亡威胁，最终他的勇气令徽章发光。他找到分子兽，它正想复制小空，并企图用小空的徽章令比丘兽进化。当太一救出小空逃出后，分子兽想与悟空兽同归于尽，并将它拖到黑暗网络中，结果令悟空兽和暗黑网络结合，力量倍增。太一用无比的勇气令徽章发出光芒，最终使暴龙兽超进化成机械暴龙兽，打败了悟空兽。然而此时出现的时空扭曲使太一和滚球兽回到了现实世界……
第二十一话 滚球兽在东京
太一回到家中，见到妹妹小光，她居然认识滚球兽。太一惊异地发现现实世界的曰期仍是他们去露营的曰期。太一打电话给同伴的家中，发现只有自己回来了。突然，他看电视发现世界各地出现了数码暴龙，而只有小光和自己能看见它们。此时奥加兽也来到了现实世界，滚球兽进化成亚古兽后把它打回了数码暴龙世界。此时时空再次扭曲，太一坚定地选择离开小光，去拯救数码暴龙世界。
第二十二话 爱撒谎的小恶魔兽
太一见到迪哥兽，他告诉太一离开这里已经过了一个多月，原来这段时间内大家失散了。阿和去湖对面调查很久也没回来，小恶魔兽出现并使坏点子使阿武生迪哥兽的气，并使阿武抛下迪哥兽与小恶魔兽渡河去找阿和。太一便带迪哥兽过河，找到阿武时小恶魔兽找来一些失忆蘑菇给大家吃。没烤好时，亚古兽去厕所，突然一个声音（其实是小空）告诉他吃了那些蘑菇会丧失记忆。亚古兽回来即使揭穿了小恶魔兽的阴谋，后来阿武与迪哥兽和好，迪哥兽进化成巴达兽，打走了小恶魔兽。
第二十三话 朋友，兽人加鲁鲁
太一与阿武来到湖对面餐厅，遇到了在打工的阿和与阿丈，而阿和不愿与大家离开。原来阿丈来到这里吃饭，没有美元被老板蛋蛋兽勒令打工补偿。阿和来到后，决定首先接回阿武，再来帮阿丈。然而小恶魔兽命令蛋蛋兽想办法拖住阿和，蛋蛋兽就威胁阿和留下帮忙，然后不停地使阿丈做错事延长打工期。后来，事情暴露后，蛋蛋兽的手下鼻屎兽抓住阿武，阿丈为救阿武反被抓住。其他数码暴龙又敌不过蛋蛋兽。阿和发出来自内心的友情呼喊，使友情徽章发光，加鲁鲁兽超进化成兽人加鲁鲁，终于击败了蛋蛋兽。
第二十四话 击破，超比多兽
太一等四人分两边找同伴。此时，光子郎掉进了专卖大脑的宇宙脑魔设置的空间，并被夺去了知识徽章与求知的心。甲虫兽用尽全力去唤醒他，一步一步地退化，最终退化成幼年期的泡沫兽，真诚的眼泪终于使光子郎清醒。他们趁宇宙脑魔和小恶魔兽争吵时夺回了知识徽章与求知的心，然后与宇宙脑魔对战。但比多兽不敌它，此时光子郎的知识徽章发出光辉，使其进化成超比多兽，终于击败了宇宙脑魔，然后他们了逃出来。出来后便遇到了阿和和阿武，玄内老人给了光子郎“数码暴龙大百科”的电子书，并对他们说一个新的黑暗势力正在蔓延开来。
第二十五话 沉睡暴君，怪蛙皇
太一与阿丈来到了一个城堡，发现美美竟成了那里的公主。原来城堡主人怪娃皇因卡拉OK比赛失败而沉睡，只有美美的歌声能让它清醒，但她后来一直不肯唱。于是蝌蚪兽和怪蛙兽只有一直服侍她。太一与阿丈串通巴鲁兽想办法录下美美的歌声，却被美美发现，并一齐被关了起来。晚上美美做噩梦，梦中小空说服她回到以前的纯真。终于，她完整地唱了一首歌，使怪蛙皇清醒。然而它清醒后却攻击孩子们，最后被机械暴龙兽一击压在了城堡的下面。美美终于与大家上路了。
第二十六话 光芒之翼，伽偻达兽
孩子们发现了小空，但她却不想见大家。太一与阿和联合堵住了她。原来她受小恶魔兽挑拨，认为自己不可能让属于她的爱之徽章发光，孩子们一齐说服了她。夜里，小恶魔兽的主人吸血魔兽终于出动了。小恶魔兽先行攻击小空，比丘兽挡住了冰针受了伤。这时，吸血魔兽出现在孩子们面前，它可怕的攻击力打倒了除了比丘兽外的所有数码暴龙。小空不让比丘兽出战，比丘兽的一句话使她想起以前妈妈的往事，终于了解了妈妈爱心，这令爱心徽章发光，使巴多拉兽超进化成伽偻达兽，并救走了孩子们。
第二十七话 黑暗之城，吸血魔兽
玄内老人告诉孩子们原来有第八个被选中的孩子，并在曰本。而且吸血魔兽正打算到曰本去杀害她。亚古兽与巴鲁兽假装参军帮孩子们潜入吸血魔兽的城堡。他们发现城堡非常怪异，后来他们跟踪一些邪恶数码暴龙发现了一个密室。吸血魔兽已经打开大门进入了现实世界。一只叫迪路兽的数码暴龙召唤出一些邪龙兽攻击孩子们，并准备关闭大门。经过惨烈的战斗，太一他们还是没能穿过大门……
第二十八话 追击，前进曰本
孩子们在立体影象机中见到了玄内老人，他指引孩子们找到了他的住所。他告诉小朋友们在大门前有个密码锁，要用正确的钥匙卡插入正确的位置才能正确打开前往现实世界的通道。而问题是只有九个位置，却有十张卡。孩子们再次进入城堡，遭到邪龙兽与蜘蛛兽的攻击，而且城堡就要塌了。光子郎找出了规律，只剩下最后两张卡和一个位置。太一果断地作出判断，大门打开了。孩子们穿过后发现真的回到了原来的宿营地，但数码暴龙不在身边。当孩子们怀疑之前的是梦时，数码暴龙们出现了，原来他们找食物去了……
第二十九话 光丘激战，长毛象兽
孩子们回到队伍，乘车返回。光子郎分析说所有被选中的小朋友都曾经住在光丘并且现在都搬走，而且都见过数码暴龙。于是大家决定去光丘调查。在调查毫无结果的情况下，一只长毛象兽出现并突然袭击孩子们。当大家用尽全力打倒他后，却发现电视里大肆宣传说好象是四年前的恐怖炸弹事件，而且这次现实世界所有人都能看见数码暴龙。
第三十话 数码暴龙游东京
孩子们最后决定返回御台场，数码暴龙们在地铁那里闹了很多笑话。由于钱不够最后大家被迫拦车请求搭顺风车。此时墨鱼兽突然出现攻击他们，海狮兽在打败他后，直接从河路将所有孩子们送回了御台场。
第三十一话 烂泥兽偷袭东京湾
太一认为小光是第八个被选中的孩子。但她的暴龙机被她家的猫叼走，所以太一无从知晓。同时，吸血魔兽复制了大量的进化钥匙和徽章用来寻找第八个被选中的孩子。小恶魔兽和光子郎同时感应到暴龙机在附近，便进行追踪，其实是乌鸦叼走了暴龙机。烂泥兽出现攻击人们。比多兽经过战斗后终于打败了他，最后光子郎还是一无所获。
第三十二话 火烧东京铁塔
孩子们商量，决定分头寻找第八个被选中的孩子。美美和小空在东京铁塔遇到强劲死神火焰兽，它的重金属火焰十分强大，太一和光子郎发现情况并赶到。最后，暴龙兽超进化成机械暴龙兽，经过艰苦的战斗巧妙地打败了它。同时，迪路兽发现了小光，它怀疑她就是第八个被选中的孩子，于是想杀死小光。此时的迪路兽却对她产生了亲切感，最终它离开了。
第三十三话 涉谷系数码暴龙
阿和及阿武坐地铁回家，阿武和巴达兽吵嘴，巴达兽赌气离开了。阿和、阿武和加布兽下车去寻找它，遇到了吸血魔兽两个贪玩的手下南瓜兽和矿石兽。它们只想玩，而且要和他们一起玩。虽然他们调皮捣蛋，但非常善良。可最终被吸血魔兽发现，并被杀死了。阿和异常愤怒，使加鲁鲁兽超进化。与此同时，巴达兽赶来并进化成天使兽，经过战斗打跑了吸血魔兽，阿和与阿武怀着对南瓜兽和矿石兽的怀念消失在都市中……
第三十四话 命运的锁链，迪路兽
迪路兽始终怀疑小光是第八个被选中的孩子，它的朋友巫师兽发现了暴龙机，并把它交给迪路兽，这使她想起了以前的往事。迪路兽去找小光，为小光挡了亚古兽不小心瞄错的攻击。巫师兽告诉太一迪路兽和小光是第八对搭档，而且他和迪路兽要去拿进化钥匙和徽章。当它们拿到后，却被吸血魔兽发现了。吸血魔兽知道了迪路兽的身份后，便将巫师兽打进河里，并抓走了迪路兽。虽然太一和暴龙兽赶来了，但由于实力悬殊，只能目送它带着迪路兽消失在黑夜中……
第三十五话 御台场仙子，花仙兽
吸血魔兽用结界包围了整个御台场，然后叫死神兽去抓所有的小朋友。太一，小光还有阿和逃脱，比丘兽为救外出的小空对她妈妈表明了身份，阿丈则到阿武所住的地区参加考试。迪路兽被迫一个个确认被抓来的孩子，大人们则被关在一起。小空和美美一起策划，利用佛经削弱猛鬼兽的力量，带领大人们逃跑，然而仙人掌兽却被黑暗巨龙兽打败。美美非常愤怒，她纯真的泪水使纯真徽章发光，仙人掌兽进化成花仙兽，用花圈净化了黑暗巨龙兽的病毒。然而，吸血魔兽突然出现，杀死了黑暗巨龙兽并打倒了花仙兽。巴多拉兽在小空妈妈的帮助下赶到救走了花仙兽和小空。
第三十六话 祖顿兽，突入围城
太一遇到阿和，并把小光托付给他，然后去救被吸血魔兽囚禁的人。玄内老人教光子郎使用数码结界，那样在一定范围内数码暴龙会看不见人类。保护了家人后，光子郎也出去阻止吸血魔兽，他找到了结界的中心并遇到阿和的爸爸。另一方面，阿丈决定乘海狮兽回御台场，正好遇到阿武，便一同回去。途中受到超海龙兽的攻击，阿丈的守信使诚实徽章发光，海狮兽进化成祖顿兽打败超海龙兽。途中他们见到了巫师兽，巫师兽讲述整个故事并把小光的徽章和进化钥匙交给了他们。死神兽跟踪小空，找到小光和阿和。阿和他们不敌死神兽。小光为救他们薖arty鲎约旱纳矸荩凰郎袷薮摺！�
第三十七话 完全体总进击，天女兽
阿和他们决定与吸血魔兽决一死战。光子郎见到阿和的爸爸并与阿武、阿丈、小空、阿和会合，由阿和的爸爸带领到结界的中心。太一见到美美，两人一同赶去。吸血魔兽正想杀小光和迪路兽时，五人首先赶到，随后美美和太一赶到。由于吸血魔兽吸了许多年轻女子的血而功力大增。当它用招术攻击小光时，巫师兽冲出挡住了这一招，然后死去了。小光的泪使数码暴龙机和光明徽章都发光了。迪路兽超进化成天女兽，结合七个完全体和天使兽的力量终于打败了吸血魔兽。然而，大家发现包围御台场的浓雾尚未散开……
第三十八话 吸血魔兽复活了
玄内老人发邮件告诉大家一个预言：“一开始会有蝙蝠从天而降，所有人会高呼传说中数码魔王的名字，在与恶魔数字吻合的时候，传说中魔王会以正体出现。那时会有天使出现，而且会将箭射向他们所守护的人和最爱的人，奇迹会在那时出现。”后来，究极体的究极吸血魔兽果真出现。机械暴龙兽、兽人加鲁鲁、天使兽和天女兽都不敌它。最后光子郎分析预言，得出了天使兽和天女兽应向阿和与太一射箭的结论。太一和阿和互相鼓励，使暴龙机发出强光，最后预言终于实现，亚古兽和加布兽居然从成长期WARP进化成了究极体的战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽。
第三十九话 究极进化，冲破黑暗
虽然战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽实力很强，但仍无法战胜究极吸血魔兽，其他人也赶来帮忙。但究极吸血魔兽的真身出现。它的力量极其强大，一下就将所有数码暴龙们打倒。危急时刻，所有小朋友的暴龙机发光，捆绑住了究极吸血魔兽，战斗暴龙兽和钢铁加鲁鲁兽用必杀技终于打倒了究极吸血魔兽。浓雾散去后，天空却出现了倒转的数码暴龙世界！孩子们明白数码世界又有危机了，于是毅然决定返回数码世界……
第四十话 黑暗四天王
孩子们返回数码暴龙世界后，就受到了究极体的黑暗四天王钢铁海龙兽、机械邪龙兽、木偶兽和小丑皇攻击，被打至惨败。孩子们不相信这件事情，正当四个暗黑使者准备攻击众孩子们时，妖精兽及时赶到。它告诉小朋友们只要他们发现了自己缺少的，就一定能战胜黑暗四天王。然后他就用自己的生命将孩子们送上了黑暗四天王的居住地——黑暗龙转山……
第四十一话 恶海之王，钢铁海龙兽
到达山后，孩子们遇到贝壳兽，它们没有进化成成熟期就打倒了它。后来大家不小心中了钢铁海龙兽的圈套，被亚路加兽关进一间小屋里并被弄晕了。只有美美和阿丈跑得慢，逃脱了。巴鲁兽和哥玛兽进化成花仙兽和祖顿兽，打败了亚路加兽并救出孩子们。然而当他们逃跑时，被钢铁海龙兽追上。眼看无路可逃时，巨鲸兽出现救走了他们。
第四十二话 沉入海底的巨鲸兽
钢铁海龙兽唤来得力助手奇蛙兽，在海底搜索，最终发现了调整气压的巨鲸兽。经过千辛万苦，巨鲸兽终于摆脱了钢铁海龙兽的追击，浮出海面，此时钢铁海龙兽也出现了。大家分散开来一边对付奇蛙兽，一边对付钢铁海龙兽。战斗暴龙兽被钢铁海龙兽咬住，眼看撑不住时，巨鲸兽冲出救了它。钢铁海龙兽由于躲闪不及时被巨鲸兽击中。战斗暴龙兽愤怒的一击将钢铁海龙兽钻开了两半，结果巨鲸兽和钢铁海龙兽都死了。随着钢铁海龙兽的死，黑暗龙转山的海洋部分也消失了……
第四十三话 危险游戏，木偶兽
美美非常伤心，面对数码暴龙们的屡屡牺牲，不愿继续战斗下去，这导致太一与阿和吵架。第二个黑暗天王木偶兽用地图和玩具玩弄孩子们，还将阿武拐走，并逼他玩战争游戏。巴达兽去找阿武，发现了地图和玩具。阿武在利用智慧将木偶兽引开后，与巴达兽破坏了机关，逃出了木偶兽的房子。大家在打败了木偶兽的手下奇鸟兽后，阿武回到了大家身边。正当大家夸奖阿武的时候，阿和突然一反常态地和加布兽不辞而别……
第四十四话 迷乱森林，祖利兽
原来阿和因为觉得阿武不再需要他，开始沮丧起来，所以离开了大队。另一方面，小光听到一个声音，而其他人却没听到。阿和遇上木偶兽的手下祖利兽，祖利兽更以谗言引诱阿和与太一决战，它告诉阿和如果打败太一他就会变得坚强及振作。此时孩子们在森林中与垃圾桶兽战斗，危急时刻，阿和出现在大家面前并救了大家。但是，钢铁加鲁鲁兽竟然要亚古兽进化成战斗暴龙兽与它决战。吃里不讨好的祖利兽因为提醒木偶兽要小心被选中的孩子而被杀死。
第四十五话 战斗暴龙兽大战钢铁加鲁鲁
经过争吵，最终亚古兽还是进化成了战斗暴龙兽与钢铁加鲁鲁兽战斗。太一则与阿和争吵并打了起来，阿和认为他们并不是同伴。此时小光再次听到那个声音，后来有人借助她的身体向孩子们传达了他们被选中的过程，所有人明白了他们的确是同伴。然而，尽管阿和明白了真相，但他认为不能和太一战斗，为追求自我而执意要独自离开队伍。美美也因为厌倦战斗生活而离开，阿丈则留下来准备说服她，其他人继续上路了。就这样，大队伍又一次分散了……
第四十六话 复仇之火，钢铁悟空兽
当阿丈和美美离开了大队后，他们看见天上掉下了一颗陨石，此时奥加兽被陨石击中受了伤。美美不忍心丢下它不管，就让阿丈为它包扎。木偶兽突然出现，哥玛兽虽然进化成了祖顿兽，但仍不是它的对手。这时，钢铁悟空兽出现了。趁钢铁悟空兽与木偶兽战斗时，美美和阿丈逃脱了。正当他们快要被钢铁悟空兽发现时，一只数码暴龙出现在他们面前，它到底是敌还是友？
第四十七话 勇气的究极进化，黄金剑狮兽
在阿丈及美美面前出现的，原来是由狮子兽究极进化而成的究极体黄金剑狮兽。他们来到阿丈曾经打工过的餐厅，但那里已经是废墟了。他们在那里遇到怪蛙兽和蝌蚪兽。这时钢铁悟空兽出现，由于它全身都是全宇宙最硬的金属，黄金剑狮兽敌不过它，它为了保护美美而受了重伤。最后祖顿兽用也是全宇宙最硬的金属的夺命飞锤打破了钢铁悟空兽的外壳身体，在黄金剑狮兽的一击下最终消灭了它。另一方面，太一他们经过艰难的战斗，加上突然出现的钢铁加鲁鲁的一臂之力终于打败了木偶兽。狮子兽死了，美美十分伤心。她想去初始城市，但奥加兽说那里已经是废墟了。于是阿丈和美美决定联合以前帮助过他们的数码暴龙一起打倒黑暗四天王。当太一他们赶去追阿和时，他再次消失在大家面前。黑暗龙转山的森林部分也随着木偶兽的死而消失了……
第四十八话 轰炸指令，机械邪龙兽
太一等五人来到一个城市，小光却感冒了。光子郎和太一出去找感冒药，光子郎因为多次使用电话线路上网被机械邪龙兽发现了行踪而受到攻击。太一非常激动，原来小时候有一次因为他的疏忽，小光差点死去。最后，由于机械邪龙兽无法捕捉到两人，决定炸掉整个城市。幸好阿武察觉，在他们所处的房屋内及时离开，避免了灭顶之灾。但是，机械邪龙兽却出现在孩子们面前，用无限大炮将孩子们打到了地底……
第四十九话 再见，鼻涕兽
孩子们在地底失散。小空、阿武和小光首先会合，他们见到了虐待鼻涕兽们的极恶熊仔兽，被发现后被它追击。小光的身体突然发光，使数码暴龙们变强，也使鼻涕兽醒悟，终于联合打败了极恶熊仔兽。同一时间，太一和光子郎遇到安杜路兽，但不久他们又遇到机械邪龙兽。小光他们及时赶到，鼻涕兽被机械邪龙兽全部杀死。这使小光极其愤怒，她身体再次发光，使亚古兽恢复能量，进化成战斗暴龙兽，终于打败了机械邪龙兽。黑暗龙转山的城市部分也随之消失了。
第五十话 女性对决，女恶魔兽
太一等五人来到黑暗龙转山山顶遇到女恶魔兽。太一知道很快就要面对最后一个黑暗天王小丑皇了，于是叫小空和阿武立即去找回阿和、阿丈和美美，由天女兽和超比多兽与女恶魔兽对战。女恶魔兽非常强大，两兽多次面临下风，但最终天女兽用天堂紫光战胜了女恶魔兽。就在他们欢庆胜利的同时，小丑皇也出现了。
第五十一话 地狱来的小丑，小丑皇
阿丈和美美发现艾力兽，它在吹阿和的口哨。阿丈断定阿和就在附近，于是决定过河寻找阿和。这时的阿和跌进了黑暗山洞，并且他的自暴自弃使黑暗力量不断包围他。加布兽用真情打动了他，使他明白他一直都不是一个人的道理，然后黑暗山洞消失了。阿丈发现了阿和，此时小空和阿武也赶到了。但是，小空也掉进了同样的山洞，被重大的责任所压迫，黑暗力量包围着她。阿和与阿丈也用真情打动了她。于是四人离开山洞，赶往黑暗龙转山山顶。另一方面，由于实力悬殊，战斗暴龙兽被小丑皇打败。太一仍不让大家帮忙，他坚信阿和会赶回来。危机时刻，阿和真的回来了，他们的友情使友情徽章发光，战斗暴龙兽恢复力量。两只究极体准备与小丑皇一决高下……
第五十二话 圣剑士，神圣天使兽
小丑皇一时打不过两只究极体数码暴龙，就把他们变成布偶。而且他追击孩子们，一个个地把他们及其数码暴龙也变成布偶，只有阿武和小光被小丑皇逼上了绝路。最后，当阿武和小光摔下山崖时，阿武永不放弃的心使希望徽章放光，天使兽超进化成神圣天使兽，并用神圣复活之光孩子们及数码暴龙们恢复原样。这时美美与其他的正义数码暴龙都及时赶到，一起向小丑皇与大群邪魔兽发起总攻。最后，集合战斗暴龙兽、钢铁加鲁鲁兽和神圣天使兽的绝招终于打败了小丑皇。正当孩子们庆祝胜利之时，玄内老人发邮件却来说孩子们的战斗仍没有结束……
第五十三话 最后的敌人
玄内老人告诉他们真正的敌人是在火墙后面的黑暗数码暴龙，而且它最终实体化并且出现在孩子们面前。玄内还告诉孩子们他是所有在进化途中被小朋友们消灭的数码暴龙的邪念的集合体，而且他的实力超强。首先它将所有数码暴龙退化，然而居然粉碎了孩子们的进化钥匙和徽章，最后还将孩子们和数码暴龙的数据分解。孩子们在数码暴龙的鼓励下，找回自信，使心中的徽章发光，数码暴龙们再次进化并回到了战场。
第五十四话 美丽新世界（完结篇）
孩子们将徽章发挥到最高的境界，使数码暴龙们的实力倍增，最终发出了致命一击，一切都完结了。在欢庆胜利后，大家准备在数码暴龙世界渡过暑假时，玄内老人却告诉他们数码暴龙世界的时间将要恢复正常于现实世界同步，而且数码暴龙世界的大门也将要关闭。在依依不舍的情况下，孩子们与他们的数码暴龙做了简短的告别后，踏上了归途……
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