千万年前，地球上的章鱼进化了，成为了地球上第一个出现的智慧种族，等章鱼们的发展处太空科技后，不知什么原因全种族就离开地球了，只在地球上留守下了一个基地，和一个通讯站，并且封闭，留守人员也进入沉睡，为将来的回归做准备。
NNN年后，猴子进化成了人类。一直到20世纪初的时候，有个叫哈格瑞夫的人发现了这个秘密（就是2代里的白发老头。），并且发现当初章鱼留下的那个基地其实就在美国纽约地下。 于是他成立了Crynet公司，开始研究章鱼科技，50年后，因为寿命原因，他利用章鱼科技将自己的身体冰冻，将意识和电脑联接以继续研究与控制公司的运作。终于在100年后研制出了**了章鱼和人类科技的“纳米服”。
纳米服具有半生物半机械的特性。可以大幅度增加装备者的各项能力。且理论上其生物科技可以使纳米服真正的融入人体，修复身体组织，使其不再是一件衣服，而是变成“皮肤，内脏，骨骼”成为人体的一部分。某种意义上来说，就是使人类进化。 他认为只有人类获得这样的进化，才能在将来在章鱼有可能回归的情况下赢得生存空前， 并且哈格瑞夫自己也有私心，希望自己那衰败的身体 可以通过穿上纳米服后得到进化和修复，得以再次活过来。 可惜因为章鱼基地是被封闭的，人类科技无法打开，他得到的技术和样本非常的少，不足以使纳米服达到完美。只有最基本的功能，高端功能虽然预留了接口，但是缺少“硬件”而无法使用。
终于在2023年的时候，太平洋上的灵山岛上突然出现了章鱼的通讯信号，一直没有被发现的章鱼通讯站被激活了，哈格瑞夫第一时间就发现了这个情况。 于是他认为机会和危机同时都到了，机会是，终于可以获得完整的资料来完善纳米服了。 但是同时 通讯站的恢复，也说明章鱼快要回归了。于是他把纳米服支援了美国军方，并让自己的特工（普费）混入了军方探查灵山岛的任务，其目的是为了进入基地取得样本和资料。(接下来就是1代的剧情了，至于朝鲜怎么会有纳米服的，就看游戏公司怎么圆这个故事了，我敢打赌，他们做一代的时候根本就没有考虑到二代的剧情。）
普费在灵山岛进入了章鱼的通讯站后虽然取得了部分样本，但是却感染了章鱼时代的病毒孢子， 其实这种孢子并不是章鱼的生物武器， 就像哥伦布发现新大陆后，首先给本地土著带去的不是贸易，也不是战争，而是剧烈得的疾病一样。 人类的生态从没有接触过这种病毒，所以完全没有抵抗力，也没有产生抗体的的时间。
普费通过章鱼通讯站 和基地之间的链接通道，直接从海底回到了纽约。 回归后的普费去质问哈格瑞夫关于其隐瞒了的病毒的情况（从过场中猜测可能赛可和诺曼也感染了病毒，普费形容为"行尸走肉”。）而哈格瑞夫却以“牺牲是必要的”论点来回应。普费怒而出走。并找到了另一个科学家“古德” 继续对纳米服中的章鱼技术 ，和病毒进行研究，以期找到对抗病毒和章鱼的方法。 不久，纽约地下的基地也开始复苏，全球气候受到能量的异常而变得恶劣。 3年后章鱼人破土而出，同时带出了病毒大规模感染了纽约的人类。也许章鱼认为人类是在自己睡着的时候霸占了家园的垃圾。于是战争爆发。（接2代剧情）
普费因为感染达到极限，将纳米服交给了主角，同时为了断开和纳米服的意识链接而自杀。（其实突变进化了的纳米服已经将普费的思想融入了自己的计算机，在纳米服被进一步完善的过程中被一点一点的激活。）而2代一开始，哈格瑞夫为了复活自己，需要得到普费身上那套进入过章鱼基地被完善过的纳米服，而不停的追杀主角，然后又欺骗主角自投罗网。 在最后全部失败后，大彻大悟。将最后一部分完善纳米服的基因交给了主角，注射基因后，主角成为 反章鱼用人形毒气弹。进入章鱼的设施改变了孢子病毒的基因，使其对人类无害，反而成为章鱼的剧毒。并且释放出来。最终地球上留守的章鱼人没绝了。
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