第一话
神原拓也，在他弟弟的生曰那天，突然接到一个神秘的信息，让他在17点45分到自由之谷车站搭车到涉谷，在车上又收到请在涉乖痪搭地下铁的信息。在坐电梯时，拓也见到了一个十分冷酷的男孩。而这时发生了奇怪的事情，电梯竟一直下到很深的地下！电梯打开时，面前是一个车站。拓也上了车后，发现又有3个人在同一辆车上。他们分别是柴山纯平、织本泉和冰见友树。列车到站后，4人已经来到了数码世界。突然，凯路贝罗兽出现到处破坏。突然拓也发现了传说中的炎之斗士之魂，并与炎之魂合为一体，用“魂之进化”进化成传说中的十斗士代表炎的阿古尼兽，将凯路贝罗兽打败并将其的黑暗灵魂净化。然而，退化回来的拓也却不知道发生了什么事。
第二话
拓也放出打败凯路贝罗兽的数码编码使消失的大地复原，而拓也见到的那个名叫源辉二的冷酷男孩也来到了数码世界。一只叫波哥兽和一只叫提问兽的数码兽告诉他们数码世界正被凯路比兽破坏。纯平想和友树回现实世界，于是用巧克力作诱饵来问帕古兽回去的方法。却被一大群帕古兽追着要巧克力而掉下一地下迷宫。此时辉二和拓也、泉也分别进入地下迷宫。辉二见到被帕古兽们缠住的纯平和友树，就上前打败了帕古兽，但其中一只帕古兽却进化成烂泥兽。拓也此时赶到，进化成阿古尼兽与烂泥兽战斗，却突然就变回来了。但这时辉二突然遇到他的代表光的斗士之魂，进化成狼兽，将烂泥兽打败。然后辉二就独自离去了。
第三话
纯平和友树决定不回数码世界而和大家一起。拓也又接到信息要去森林终点站。他们在某个地方见到有关十斗士的记号和光明兽的图样，并听波哥兽说了有关十斗士和光明兽的传说。突然许多蜡烛兽出现，原来这是蜡烛兽的村庄。波哥兽告诉蜡烛兽拓也得到了十斗士之魂，于是蜡烛兽请大家接受招待。没想到这是陷阱，蜡烛兽立即攻击众人。拓也让众人逃走，自己进化反击。然而蜡烛兽不怕火系攻击，阿古尼兽反而被困住。这时友树奋不顾身去救阿古尼兽，突然冰之魂飞了出来，友树立即进化成查库兽。但一只蜡烛兽进化成男巫兽，并用分身法迷惑阿古尼兽。查库兽提醒阿古尼兽看影子，终于打败了男巫兽。众人又继续上路了。
第四话
拓也他们在前进路上遇到岔路，拓也、友树和泉、纯平分别走一边。泉、纯平来到了风景萧条的微风村，见到了辉二，但他又立即离开了。两人遇到弗罗拉兽，得知微风村以前是观光胜地。于是两人打算美化这个村以使其重新回到以前的样子。然而蘑菇兽三兄弟突然出来捣乱，并追打纯平。这时风之魂飞了出来，纯平以为是他的斗士魂而十分高兴，然而这个魂却不是他的而是泉的……泉进化成仙女兽，打败蘑菇兽三兄弟。然而它们却合在一起进化成树木兽，将仙女兽打退化。这时辉二赶到，进化成狼兽终于打败了树木兽。他将黑暗灵魂净化后，蘑菇兽三兄弟变回正常。辉二将数码编码放出，微风村变回原来那样美丽，随后他又离开了。拓也和友树因为路不通而折回来，而纯平为只有他不能进化而沮丧。
第五话
众人来到株式会社风工场，打算进去参观一下。工场的主要员工是小鹿角虫，而小矮人兽则是监督。大家参观完后来到小鹿角虫兽的生活区，得知小鹿角虫兽们是被迫劳动的。于是大家决定帮小鹿角虫们脱离这个魔窟。但是纯平因为没有魂可以进化而很伤心。夜里，拓也等三人进化开始行动。仙女兽在门口引诱敌人，阿古尼兽和查库兽以及小鹿角虫兽们则去破坏中枢部。然而等待大家的是场长阻击兽和一大堆小矮人兽。拓也他们被打败。这时纯平终于忍不住冲进工场中枢部。而这时纯平终于发现了属于他的雷之魂，进化成闪电战兽，非常酷地打败了阻击兽。同时中枢部被破坏，小鹿角虫兽们自由了。
第六话
众人没有钱但是又很饿，于是决定打工。他们见到贝壳滑溜兽，听说村里来了个洞穴兽，抓走了村子里的女孩来威胁它们薖arty錾嚼锏氖氡嗦搿Ｋ歉姹纯腔锸蘩吹剿蔷幼〉纳剑交远龆秩ゾ饶切┡ⅰ４科剿Party龃蠹沂谴抵械亩肥浚峁纯腔锸蘖成蟊洹Ｍ砩希敝谌诵牙词保⑾直槐纯腔锸薨笞。胗梦迦死唇换蝗酥省Ｔ炊囱ㄊ抟彩谴抵械氖肥恐唬侨词鞘粲谛岸竦氖肥俊３吻迨率岛螅谌私攵囱ㄊ拚蕉罚沼诰瘸鋈酥什⒋虬芏囱ㄊ蕖Ｃ幌氲蕉囱ㄊ尥蝗槐涑闪司扪沂蓿盗Υ笤觥Ｋ虬苤谌瞬⑽樟松降氖氡嗦耄拐较Я恕�
第七话
众人分散了。拓也、辉二和友树来到空中玩具王国，友树对这里的玩具很感兴趣。而拓也和辉二为了对待小孩子的问题而吵起来。这时众人见到熊仔兽，为了不被它缠住来玩而躲开。突然，邪恶熊仔兽出现抓走友树，并用心碎攻击使拓也和辉二觉得很伤心，接机逃走。拓也和辉二追到城堡处，但不慎掉入护城河，幸好一只叫熊猫兽的数码兽救了两人，告诉大家玩具阿古兽被凯路比兽变得邪恶。两人进入城堡，默契地打败了众玩具阿古兽，并将它们的邪恶灵魂净化。两人来到城堡顶部，发现原来友树只是跟熊仔兽玩游戏机而已……最后玩具阿古兽带三人离开玩具王国。
第八话
众人在草原穿行时见到刺刺兽——数码兽小学的教师，于是决定去数码兽小学参观。在小学里除了角兽以外的学生都排斥它。泉因为是意大利回来的所以很寂寞而很同情它。纯平希望帮它交到朋友，反而受到反效果。角兽不小心掉到河里，泉为了救它也掉到河里，角兽进化成伽布兽救了纯平。两人了解到角兽因为可以进化而被同学所恐惧。这时下起大雨，河水泛滥而有冲走学校的危险。两人进化阻止流水，但是一个同学不小心被冲走，情况危急。这时纯平和泉鼓励角兽去救它，角兽终于下定决心进化救下了那位同学。经过这次事件，大家终于接受了角兽。随后，在两人离开草原的途中，与拓也等三人合流了。
第九话
众人决定在森林里野营，大家找了些肉食苹果来吃。在烤食物时，大家讨论了有关洞穴兽使用的兽型斗士之魂，得知每个十斗士有两种斗士魂。大家在吃东西时，月亮被云遮住时，森林暗了下来，在树干上突然发出光来，放出现实世界的影象，但一会儿又消失了。友树在睡觉时做恶梦，梦到众人欺负他，于是突然攻击众人，并进化成查库兽不断追击众人。拓也和辉二在逃走时发现一直躲在暗处观察众人的食梦兽，于是两人进化，由辉二抵挡查库兽，拓也攻击食梦兽。拓也被食梦兽的技能困住而做恶梦，但立即醒悟过来并明白查库兽也做了同样的梦。拓也立即打败食梦兽并净化了它的黑暗灵魂，友树终于恢复神智。为了道歉，食梦兽帮大家做了个愉快的梦。在大家睡觉时，辉二突然接到有关兽型斗士魂的信息……
第十话
众人醒来发现辉二、波高兽和提问兽不见了，得知他们先走了，于是众人也上路。辉二等见到一只矿石兽，然后发现洞穴兽在矿石兽的村庄破坏。辉二进化与巨岩兽战斗，却被打败。矿石兽救了辉二，辉二更从而得知斗士魂就在附近。此时洞穴兽遇到拓也等人，进化成巨岩兽打败众人并抢走泉的魂。辉二此时赶到将洞穴兽引到斗士魂所在处但被打退化。矿石兽保护辉二完成预言，使传说中的光之兽型之魂出现。辉二用兽型魂进化成兽型的伽路姆兽，然而辉二却完全控制不了兽型魂，但其野性还是使其暂时击退巨岩兽，随后退化了。
第十一话
洞穴兽为了打败小朋友们，召唤了高乐兽……众人因为意见有分歧，波高兽就带大家去找萨满兽占卜。但是在占卜的途中，洞穴兽带着高乐兽杀到，并困住辉二不让他进化。众人进化迎战，很辛苦地打败高乐兽。但此时洞穴兽再次进化出击，抢走了友树的魂。就在此时，一只神秘的数码兽突然出现，以压倒性强力打败巨岩兽。原来这是萨满兽被炎之兽型魂所困而产生的，它请求拓也帮它解脱。于是阿古尼兽打败那只数码兽并且与兽型魂融合而滑行进化成维托拉兽。然而，拓也同样反而被兽型魂控制了而发狂。辉二只好进化成伽路姆兽与闪电战兽迎战，到底结果会如何呢……
第十二话
维托拉兽野性爆发而不断攻击同伴以及到处破坏。友树奋不顾身地上前，对拓也薖arty鲎约旱男纳沼谑雇匾财骄蚕吕矗⒊晒ν嘶Ｕ贝蠹以谏种屑绦敖保恍⌒闹辛硕囱ㄊ薜南葳澹匾埠陀咽魍馄渌硕疾荒芏Ｍ匾惨蛭志逦欣薅唤砂⒐拍崾蓿痪扪沂薮虬芏嘶Ｍ匾参司瘸霰痪扪沂拮プ〉挠咽鳎绞た志褰晌欣蓿虬芫扪沂蕖４耸本扪沂尴殖鲇涤械乃母龌辏欣弈米咄恋氖扌突旰捅娜诵突辏肴ツ梅绲娜诵突晔保幢欢囱ㄊ尢幼吡恕Ｋ淙缓⒆用侨〉昧耸だ切碌牡腥艘布唇鱿至恕�
第十三话
众人终于来到森林终点站，在数码扫描器的指引下一直来到了一个城堡处。众人在城堡里遇到巫术兽，由它带领到沉睡着的三大天使之一的塞拉菲兽的房间。此时众人也得知一直指引大家的是另外一个属于三个天使的奥法尼兽。集合了数码扫描器的光，使塞拉菲兽苏醒。大家在塞拉菲兽口里得知整个事件的原因。此时，洞穴兽带着它的同伴，另外的四个恶之斗士的其中三个闯入。塞拉菲兽拥有压倒性的力量，但是恶之斗士瞄准众人攻击分散塞拉菲兽的注意力，最终将塞拉菲兽打败并吸收了它的数码编码，塞拉菲兽变成了数码蛋。泉冲过去抢走数码蛋，然后巫术兽牺牲自己保护众小朋友们离开。怀着悲愤的心情，众人乘火车离开了……
第十四话
波高兽决定做塞拉菲兽变成的蛋的妈妈。众人下了火车后，来到了一个封闭的山洞。这时在山洞里的水池里喷出水流打伤纯平和友树，原来那是鲸兽。众人让其安静下来，得知它是因为洞穴兽的破坏而掉到这狭小的水池里所以很难受。此时洞穴兽和代表木的邪恶斗士树兽赶到。洞穴兽变出很多高乐兽来攻击众人。纯平为了保护众人以及拿回泉的魂，与友树一起忍住重伤进化战斗。然而很快被打败而退化，这时树兽更进化成兽型花瓣龙兽，战况十分不利。这时鲸兽出来帮忙，更带来不小心吞进肚子的雷之兽型魂。纯平立即进化成兽型的雷光兽，将洞穴兽打败并将它的数码编码扫描，夺去它的人型魂和泉的魂。这时山洞崩塌，幸好鲸兽带大家来到了外面的大海。
第十五话
代表水的邪恶斗士拉娜兽因为还没有找到她的兽型魂而恼怒。众人来到一个只有夏天的小岛。而拉娜兽的影迷俱乐部的会员犀鸟兽发现众小朋友，于是假装开办渡假屋，想趁孩子们在海上的时候偷走他们的数码扫描器。然后在他们偷走男孩们准备偷泉的时候，泉还没换衣服，这时泉听到动静，以为有人偷看她。这时大家发现犀鸟兽全部不见了，从而发现数码扫描器被拿走了。正在大家追赶犀鸟兽时，拉娜兽突然出现。只有泉没有被偷走数码扫描器而进化迎战。在战斗中，拉娜兽突然有感觉，潜入海底找到了自己的兽型魂，进化成极其丑陋的乌贼兽。这进化一下使犀鸟兽们丧失对它的喜爱而决定退出俱乐部……幸亏它还未控制好兽型魂而飘走了，众人逃过一劫。但是这时众人才发现犀鸟兽已经跑掉了……
第十六话
众人发现犀鸟兽向另一个小岛前进。拓也和泉打算去追赶时却被哥玛兽阻止。众人得知那个岛原来是哥玛兽所住的岛，它们一次出去购物时突然出现旋涡使它们无法回去。泉打算帮哥玛兽回到小岛，于是众人造船打算去消除旋涡。然而在旋涡附近大家又碰到拉娜兽。小泉进化迎战却被打进旋涡而退化。而此时泉发现海底里隐藏着她的风之兽型魂，于是泉立即进化成兽型的休簇兽。然而拉娜兽进化成乌贼兽，向其他人攻击以引开休簇兽的注意而见其抓住。众人于是不断说乌贼兽坏话使休簇兽脱身。乌贼兽气急败坏地再次发动猛攻，然而又再次控制不住身体而再次飞走……因为旋涡消失，哥玛兽们又能团聚了。在哥玛兽的指引下，众人向犀鸟兽所去的秋叶市场进发。
第十七话
众人来到北方的秋叶市场，到处寻找他们的数码扫描器。友树来到分子兽的商店，帮它打赢游戏得到奖品。随后友树发现了分子兽店里有众人的数码扫描器，但分子兽不相信数码扫描器是大家的，只让友树找贵重物品来交换。友树找不到大家，反而碰到犀鸟兽。在被友树追赶的时候，犀鸟兽掉到河里。友树救了犀鸟兽，它们却忘恩负义拿走了原本用数码扫描器换来的摄影机。这时树兽抢走了犀鸟兽的摄影机，来到分子兽的店里，要用摄影机交换数码扫描器。分子兽从摄影机里看到友树救犀鸟兽的情景，明白友树是诚实的，就把数码扫描器还给众人，并把刚才打游戏的奖品——冰之兽型魂放进扫描器里。友树立即进化成暴雪兽，在阿古尼兽和狼兽的帮助下打败花瓣龙兽。此时，奥法尼兽通过数码扫描器让众人去蔷薇的明星，众人用泉在吃东西比赛中获得的车票乘火车向更险恶的目标前进！
第十八话
众人来到一个镇，那里正举办一年一度的运输兽比赛，由一只运输兽配一个搭档比赛。泉听到比赛奖品与汉堡包有关，于是决定众人一起比赛，但是对手是强敌狼人伽鲁鲁兽（黑）与狗兽的组合。在比赛过程中，狼人伽鲁鲁兽（黑）和狗兽不断耍奸计，使比赛不能公平举行。众人一一破解它们的奸计，但也一一退出。最终，拓也和它的搭档率先冲过终点，取得胜利。正当泉高兴的时候，才得知奖品是可以受到汉堡村的招待而不是汉堡包……
第十九话
众人来到汉堡村，得知汉堡店店长被许多变色龙兽抓走，要他们今天晚上做好吃的汉堡包来交换，于是决定帮汉堡兽做汉堡。众人做好后，由波高兽和提问兽来品尝。虽然拓也和辉二说得很好听，但两人做的超难吃。但两人十分不服气，还要继续再做……此时已是晚上，其他三人带着友树做的汉堡包来到外面，因为友树做的汉堡包很好吃，三人被变色龙兽带到一城堡处。三人见到汉堡兽店长，店长吃了友树做的汉堡包，大加赞赏。三人进化救出被抓走的汉堡兽店长的孩子并打败变色龙兽。此时花瓣龙兽出现，三人才得知原来主使是花瓣龙兽。汉堡兽店长把加工后的汉堡包给花瓣龙兽吃，使它吃饱而睡着了。汉堡兽一家终于团聚了。
第二十话
水、木、钢之恶斗士被凯路比兽召见。凯路比兽道出钢之恶斗士水银兽隐瞒了塞拉菲兽的资料而使其很恼怒。众人来到黑暗大陆，不安的预感笼罩整块大陆……众人遇到性行温和的蝙蝠兽，但是树兽却立即出现吸收了蝙蝠兽的数据并进化成花瓣龙兽袭击众人。众人进化成兽型迎战，但是花瓣龙兽吃掉森林道理的树木而变得巨大，实力大增，还能自我恢复，五兽对它毫无办法。但众兽团结起来，封锁花瓣龙兽的攻击并用合技将其打倒，最终将抢去木之兽型魂。此时最后一个恶斗士——代表暗的黄昏兽出现了，出乎众人的意料，它竟然一剑将树兽杀死然后面对众兽，一场恶战即将开始！
第二十一话
暗黑兽拥有不可思议的战斗力，众人根本没有办法伤到它，只好逃走。拓也认为大家一定能打败暗黑兽，但辉二认为这根本不可能，而应该先逃到安全的地方。拓也想出一起攻击的战略，但被辉二所斥责。辉二和拓也两人来到一个地方单独谈，辉二告诉拓也暗黑兽的实力根本还没发挥出来，但拓也坚信大家一定能打赢。这时暗黑兽杀到，众人只能用拓也的战略迎战。但是无论如何攻击，即使是四只兽型同时攻击，也伤不了暗黑兽，反而被它吸收了攻击力。此时暗黑兽向火神兽攻击，银郎兽奋力抵挡下这招而退化。拓也痛苦地叫出辉二的名字，这时暗黑兽突然举动异常，发出黑暗力量……拓也醒来时，面前是暗之车站。已完全绝望的他坐上了通往现实世界的暗之运输兽……
第二十二话
暗之运输兽到站时，已经是拓也刚开始搭车到数码世界的车站。就在这时，拓也眼前出现黄昏兽的幻象……等拓也乘电梯上到2楼的电车站时，被众人用奇怪的目光看着，才发现自己变成人不像人兽不像兽的样子。拓也来到家外，发现他又回到自己出发去数码世界的一天。这时，他看到屋里的自己收到信息赶去车站。他的意识希望不要发生之前的事而打算阻止他自己。在电车上，他发现一个和辉二很像但不是辉二的少年。到站后，那个少年没能赶上辉二和拓也的电梯而打算下楼梯，却失足摔下楼梯，躺在地下却仍叫着“辉……辉二”。到了车站处了，拓也打算用最后一次机会阻止自己，但此时他却看到了一直和他一起战斗的同伴们都上了电车，挂念同伴的心终于使他改变决定，鼓励他自己上了电车。随后，暗黑兽的幻象再次出现，拓也此时终于找回信心，一拳将幻影打散……接着，暗之运输兽再次出现，拓也毫不犹豫地决定坐上运输兽！——信心十足的火神兽走出运输兽，他回到了数码世界了！
第二十三话
泉、纯平和友树被娜娜兽和眼镜兽抓起，数码扫描器也被夺去。此时身受重伤的辉二发现众人但不敢轻易出战。火神兽从塞皮库兽处得知娜娜兽和眼镜兽的去处，立即赶去。娜娜兽准备杀死纯平，迫使辉二出战。但是眼镜兽和卡玛拉兽的实力很强，野狼兽被打倒。此时火神兽赶到，并且感受到了大自然的力量。在大自然的力量的帮助下，火神兽救出众人，并一起以比以前强大几倍的力量打退卡玛拉兽和眼镜兽。然而，正当大家为重聚而欢喜的时候，眼镜兽又有了更可怕的计划……
第二十四话
众人继续向玫瑰明星前进。然而，突然一阵风吹过，众人被吸到一个古怪的东西里。众人正在观察时纯平突然被从墙山伸出的一只手推到一个类似眼睛的东西处，来到了另外一个空间。突然火山兽出现攻击纯平，而且不断地对纯平说其他人的坏话，想离间他和其他人的感情。纯平奋力打倒火山兽，但是心仍不能平静。此时突然出现了电光兽的影子，薖arty龃科揭郧笆强慷骼唇换慌笥训模⑴銎渌娜说募傧蟛欢纤荡科降幕祷啊４科讲坏械绻馐薜挠白樱淮蛲嘶９丶笨蹋嬲乃娜舜沉私矗舜科侥蟮男判模衫坠馐蓿沼诖虬芰俗约旱挠白樱ü苏庖豢占洹Ｈ欢耸贝蠹矣直怀鱿值氖址直鹜频搅肆硗馕甯隹占淅铩�
第二十五话
原来把众人困住的是钢斗士的兽型塞菲罗托兽。友树突然遭到神秘数码兽的攻击，但突然又有一神秘的全身被包住的叫做阿修罗兽的数码兽出现，救下友树，并称是他的朋友。与此同时，辉二遭到可以解读思想的天狗兽攻击，并薖arty鏊芎ε掠涤信笥训氖隆５远故且运俣戎剖そ浯虻埂Ａ硪环矫妫咽鞅话⑿蘼奘匏破仁保肫鸶绺绯庠鹚幕埃靼装⑿蘼奘薨镏涫凳俏俗约骸Ｕ馐卑⑿蘼奘尴殖鲈危此且豢脊セ魉氖胧蕖Ｓ咽髦沼诿靼赘绺缫郧白芩邓苋涡裕峤徊坏脚笥训幕笆枪匦乃皇瞧Ｓ咽鹘虻拱⑿蘼奘蓿哦愿绺绲闹匦氯鲜叮尤坡尥惺薜纳硖謇锍隼戳恕�
第二十六话
塞菲罗托兽共有十个空间，分别代表十种属性。泉在所在的空间里被娜娜兽影迷俱乐部的蜜蜂兽们盯住，打算抓住她。谁知道每一次的陷阱都反而把自己困住而要仙女兽来救。另一方面，拓也打败鹦鹉兽通过了一个空间，而且纯平也打败了树灵兽而逃出了塞菲罗托兽。娜娜兽命令蜜蜂兽拿苹果给泉吃，泉吃下后眼前出现幻影，看见丑陋的自己，想起以前一次郊游中，认识了一个朋友，本来约好晚上一起吃饭，却因为那个学生的同学排斥她而使那个学生无奈地失约，泉为此十分地恨那个学生。娜娜兽说泉的坏话，但泉反而被激起渴望变强的意志，进化与娜娜兽决斗。本来蜜蜂兽为卡玛拉兽加油，但是风神兽在占下风时仍坚持不懈的意志感动了蜜蜂兽使它们决定转为泉的影迷。泉于是努力将卡玛拉兽打倒并将它的两个魂都拿走，然后也离开了塞菲罗托兽的身体。现在只剩下四个空间和辉二、拓也两人了……
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