第一话
太一等人的冒险已经过去三年——
高石武搬到了御台场，今天是他小学五年班的第一天，他在上学途中分别遇到井上京、火田伊织、本宫大辅、八神光。太一突然收到亚古兽发来的紧急信号，进入了数码世界。亚古兽不能进化，他们被迫躲到山洞里，发现了一个有勇气纹卡图样的东西。太一走过去，就有三道光射出，原来分别是大辅、阿京和伊织的新型暴龙机。大辅于是进入数码世界，并轻易举起太一用尽力气也拔不出的“数码装甲”，大辅的拍档V仔兽也诞生了。V仔兽让大辅叫“数码装甲升级！”使自己武装进化成烈焰兽，打碎了角龙兽身上的邪恶环，使其恢复善良。战斗结束后，太一将自己的太阳眼镜给了大辅。
第二话
阿京和伊织决定第二天去数码世界。当天晚上，太一等人商量着去数码世界，但美美去了美国，阿和与阿丈都没空。第二天，众人一进入数码世界，就遭到操纵着邪恶环的暴龙改造者的袭击。大辅与V仔兽被捉去。众人来到一座山上的建筑物里，发现了爱和智慧的装甲。阿空和光子郎拔不起来，便引导阿京和伊织去拔。装甲成功被拿起，阿京的拍档麻鹰兽以及伊织的拍档穿山兽诞生，分别用爱和智慧装甲进化成铁鹰兽和钢钻兽，救出了大辅并成功将被操纵的数码兽的邪恶环打碎。
第三话
阿京带来零食，除迪路兽外的四只数码兽都对其反应强烈。众人在等伊织的时候看电视，看到无论银币和体能都非常优秀的天才少年一乘寺贤。伊织来到后，大家准备进入数码世界。在数码世界里，暴龙改造者用邪恶环控制同种数码兽，让它们打斗来取乐。突然，他的暴龙机有了反应，便骑着巨龙兽去攻击大辅他们。在战斗中，暴龙改造者利用以多打少并集中进攻不能进化的巴达兽和迪路兽的战术占上风。于是伊织和阿武、小光去找数码装甲。他们找到以后，阿武和小光的暴龙机自动升级成新型暴龙机，并拿起希望和光明的装甲，使巴达兽和迪路兽分别武装进化成天马兽和尼菲迪兽，合力将所有巨龙兽的邪恶环打碎。
第四话
加布兽打算逃跑，被发现而被红鼻屎兽痛打，被打下山后发出求救信号。阿和等人接到信号后立即去数码世界，打算救回被捉的数码兽。途中大辅多次想战斗都被众人阻止，后来更因为说他姐姐讨厌而被所有人批评，搞得大辅很没有信心。V仔兽为了使大辅重新振作决定于红鼻屎兽战斗，因为不敌而被它痛打。突然，暴龙改造者建造的黑暗塔被红鼻屎兽不小心打裂，加布兽立即进化成加鲁鲁兽。大家于是打倒黑暗塔，控制红鼻屎兽的邪恶环就失效了。大家明确了目的——打倒黑暗塔解放地域。
第五话
暴龙改造者命令基刹兽攻击歌玛兽，歌玛兽发出求救信号。同时，伊织要练习剑道不能去数码世界。其他人与收到信号的阿丈就准备去数码世界营救歌玛兽。伊织由于练习时不专心被允许请假。当他赶到时，穿山兽非常不高兴。众人造了雪橇准备破坏黑暗塔，却被雪人兽拦截，伊织掉下河中，被迫休息。阿丈留下照顾他，其他人去破坏黑暗塔。暴龙改造者派贝壳兽和龙虾兽攻击伊织和阿丈，就在危机关头黑暗塔被破坏，歌玛兽进化成海狮兽打败了敌人。
第六话
今天是黄金假期，众人决定去数码世界野餐。正要出发时刚从美国回来的美美进来了。于是大家约美美一起去野餐。野餐时麻鹰兽因为追被穿山兽丢得很远的寿司而和阿京与大家失散了。美美去找阿京，却掉进了暴龙改造者的领地，被阿京和麻鹰兽叫醒。突然，被邪恶环控制的怪蛙兽和蝌蚪兽追赶，幸亏被巴鲁兽救下。正当好朋友相聚的感人时刻，美美薖arty鏊抢匆安偷模吐呈藓懿桓咝恕１┝脑煺吲沙鲶胧扌值芄セ魉牵烂览皿胧薜墓セ鞔蛄蚜撕诎邓褪奘藿上扇苏剖蓿胩ナ抟黄鸫虻沽撕诎邓�
第七话
大家破坏了一座座黑暗塔。这天，大家来到守卫兽的地域，由于体力不足被迫回去。但是一只守卫兽在小光进入之前打烂了电视。大辅与阿武决定回数码世界救小光。巴达兽在地域外进化成天使兽，但在进去后又退化了。大辅很生气，硬要V仔兽进化成超级天使兽。当他们发现小光时，被邪恶环控制的安杜路兽出现。即使铁鹰兽和钢钻兽增援都不够打。后来，安杜路兽分别认出大辅带着的太一的太阳眼镜、太一和小光，使邪恶环的力量消失。众人回去后，见到光子郎，得知新型暴龙机叫D-3。
第八话
大辅的足球队要与天才少年一乘寺贤的足球队比赛。上半场一乘寺贤没有来，大辅攻进一球，以1：0领先。下半场一乘寺贤出场，以超乎寻常的能力攻进9球，但最后一球被大辅奋力铲下，但铲伤了一乘寺贤的右脚。到了数码世界，除大辅外所有人突然神秘消失，暴龙改造者用大辅的同伴威胁大辅，让他下跪并让V仔兽踩他的头。后来阿武他们赶到，原来那些人质是假的。大辅非常气愤，便单独冲上去将暴龙改造者打了下来。突然大辅注意到暴龙改造者的右脚有伤，他也亮出底牌——他就是一乘寺贤！
第九话
暴龙改造者看自己接受采访的录象，觉得很讨厌。于是他决定一直留在数码世界研究。大辅他们找到一乘寺贤的地址，却发现他已失踪，于是立即去数码世界。他们遇到火焰兽，很辛苦终于打败了它们。但是暴龙改造者将邪恶环带在太一的暴龙兽上，并使用黑暗进化！丧尸暴龙兽出现，并以压倒性力量打倒所有数码兽。最后因体力不足而退化，又被暴龙改造者捉走了。
第十话
众人来到电脑室，阿京因为恐惧被大家劝而留在电脑室。同时，暴龙改造者不断让暴龙兽黑暗进化成丧尸暴龙兽，来检测邪恶环的缺点。大家打败朽木兽后得知暴龙改造者的位置。同时，暴龙改造者终于发现邪恶环的缺点，进而研制出邪恶螺旋环，却发现亚古兽被虫虫兽放走。太一等人遇到亚古兽，但在即将离开时被暴龙改造者攻击。暴龙改造者更将邪恶螺旋环套在亚古兽身上，将其进化成机械暴龙兽（蓝）。太一由于不愿亚古兽受伤而阻止大家攻击错失良机，暴龙改造者以其强大的攻击力打倒了数码兽们，并带走了机械暴龙兽。
第十一话
大家继续前进，太一让大家要尽全力攻击机械暴龙兽，大辅不解，太一告诉他打架可以增进友情，他就更不解了。他们发现友情的装甲，于是尝试拔起来，没有人成功。突然黄蜂兽攻击他们，并捉走巴达兽。暴龙改造者出现并想将邪恶螺旋环套在巴达兽身上，幸好加鲁鲁兽出现，救下巴达兽。众人便向机械暴龙兽展开攻击，只有大辅始终不敢攻击，V仔兽被迫退化。最后，大辅觉醒，使友情装甲自动飞到大辅手里，V仔兽武装进化成雷狼兽，与大辅一起作战，终于将机械暴龙兽的邪恶螺旋环打碎，亚古兽又回到了太一身边。
第十二话
巴多拉兽被飞龙兽追击，发出求救信号，阿空收到求救信号后立即用电子邮件通知其他人，但阿武正在睡觉而小光和迪路兽去散步，没有收到。其他人与阿空一起去数码世界。他们在西部镇遇到自称正义守护者的五角星兽，后来却发现它其实戴了邪恶环，所有人被它捉住，发现比丘兽也被捉了。趁五角星兽出去时，自称正义使者的左轮兽出现，但被众人怀疑。证实了其实他没被戴邪恶环后，他救了阿空和阿京去和它玩牌。五角星兽回来后决定与左轮兽决斗。穿山兽吃了它的便当回复体力武装进化冲出牢房。最后烈焰兽打败了五角星兽，并发现了黑暗塔。后来五角星兽和左轮兽不让他们走而要一起玩牌。
第十三话
小光在上课时突然感到置身于大海。阿武发现小光正在消失，大喊她，老师就叫小光去保健室。阿武下课后发现小光不在保健室，就去找她，找到后对她太依赖哥哥很生气而大声斥责。迪路兽发现小光在过马路时突然消失，大辅以为她在数码世界，阿武则去海边找她。小光在一个奇怪的世界的山洞里发现了被邪恶螺旋环控制的奇蛙兽，突然被飞龙兽袭击。阿武终于来到那个世界，打烂了一座黑暗塔，发出的光使迪路兽进化成天女兽，打败飞龙兽并解放奇蛙兽，然而它们不是真的奇蛙兽，它们想让小光帮它们生养后代。天女兽出手攻击，使它们知难而退。
第十四话
光子郎正在电脑室思索小光的事，突然发现美国的数码大门打开了，立即通知美美。大辅他们来到餐厅吃饭，却没有美金。老板蛋蛋兽要他们用劳力代替。阿武想起它就是三年前逼阿和与阿丈工作的蛋蛋兽。美美和一个叫米高的人来到付帐。蛋蛋兽说自己改邪归正，除阿京外所有人都相信它。突然金刚兽来攻击他们，蛋蛋兽奋力挡住攻击，弹出很远。米高的搭档比特兽进化成海龙兽还有仙人掌兽弄掉邪恶螺旋环。突然蛋蛋兽掉下来，并攻击大家。美美坚信它是被控制的，使阿京终于忍不住薖arty鲎约涸淳突骋傻暗笆蕖４空孀凹淄蝗怀鱿郑孤橛ナ尬渥敖扇陶呤蓿沼诜⑾植⒋蛩榱说暗笆薜男岸衤菪贰�
第十五话
众人发现暴龙改造者的地域越来越大，于是立即进入数码世界。在怪蛙皇的城堡区域，大家被受到控制的花拉兽和蘑菇兽攻击，忍者兽更遇到对手忍者豆豆兽（伊贺兽）。后来忍者豆豆兽往怪蛙皇身上套邪恶螺旋环，并向忍者兽下挑战书。众人利用怪蛙皇的攻击打碎黑暗塔，然后将其打得睡过去。忍者兽战胜清醒了的忍者豆豆兽，回来商量对策。大辅提议将套有邪恶螺旋环的鞭子砍掉，遭到谴责……最后大家一起攻击，终于将邪恶环打碎。但是，暴龙改造者却毫不关心……
第十六话
众人由于发现装甲而被受到控制的超海龙兽困在海底。由于空气有限，大家让伊织坐紧急脱出小艇去叫阿丈来救他们。伊织碰到爷爷，因为不想薖arty龀鋈サ脑颍徒逃灰祷选０⒄稍诳际裕林黄人祷讶冒⒄沙隼矗约旱牧夹氖艿角丛稹５搅耸胧澜纾蠹胰靡林闷鸶照业降淖凹祝林豢稀Ｔ诎⒄傻墓睦拢林钪漳闷鹱凹祝么┥绞尬渥敖汕宾枋蓿牒Ｊㄊ抟黄鸫蛩榱顺Ａ薜男岸衤菪贰Ｊ虑榻崾螅宾枋薮林喂酆５住�
第十七话
今天是八月一日，是阿武等人第一次去数码世界的日子，十一个被选中的小朋友聚在一起纪念这个难忘的日子。在电视台，在剪辑录象带时经常发现黑影，而且每次都不同。阿武到阿和家吃饭，听到他爸爸说起这件事。第二天，电视台工作人员依然发现同样的情况，并且不断有人叫迪路兽的名字，同时光子郎发现只要有D-3暴龙机，任何一台电脑都可以打开数码世界大门。八月三日，大家来到电视台前，迪路兽突然感觉到一些东西，于是大家进了电视台。黑影终于现身，他就是三年前的今天为保护迪路兽和小光而牺牲的巫师兽的灵魂。他留下了“发出善良的黄金光辉”的信息以后，就离开了。
第十八话
光子郎和伊织发现暴龙改造者的基地，大家决定依靠太一等人的帮助，利用一起去郊游的假象掩护下一举打倒暴龙改造者。阿京因为非常紧张，到了数码世界以后神经非常兴奋，暴龙改造者的基地从原来的位置消失了，阿京下去侦察时不小心被蜘蛛兽袭击，麻鹰兽为救她而受伤。阿京非常后悔，于是小光留下来陪她照顾麻鹰兽，其他人去找暴龙改造者基地。晚上，当麻鹰兽的伤好了以后，小光和阿京发现了正在天上的暴龙改造者移动基地。
第十九话
阿武和伊织一大早去侦察发现暴龙改造者基地。暴龙改造者亲自到黑暗漩涡里取黑暗系数码兽的数据。阿武和伊织在基地里看到漩涡里的恶魔兽，使阿武想到三年前天使兽用生命封印恶魔兽的事，决定与暴龙改造者决战。暴龙改造者在取数据时，恶魔兽对他说他不能控制强大的黑暗力量。他取完数据后完成他的原创数码兽——基米拉兽。基米拉兽可以说是全能的数码兽，小光她们不是对手。阿武耻笑了暴龙改造者后与他打架，在发现基米拉兽后乘天马兽与大家一起撤退。
第二十话
基米拉兽到处破坏，暴龙改造者的基地就跟在后面。大辅他们利用火焰的掩护进入基地，准备破坏动力室。暴龙改造者叫基米拉兽回来攻击大辅他们。它强大的攻击力即使避过攻击仍然会被气浪弹开。很快，数码兽就退化了，而且大辅、阿京、伊织的数码兽退化成幼年期。暴龙改造者十分惊奇，命令基米拉兽停止攻击。众人趁机去动力室，暴龙改造者又叫基米拉兽攻击，它却没有听从而离开了。虫虫兽为了使暴龙改造者恢复善良，带大辅进入动力室。原来动力室是由奇迹装甲为动力的。它的光辉不但使豆丁兽立即进化成V仔兽，更自动落到大辅手里，V仔兽进化成金甲龙兽，放出奇迹的光辉。
第二十一话
圣骑士型的金甲龙兽出现，使基米拉兽察觉并返回。两兽展开激烈的对决，虫虫兽则不停地劝暴龙改造者变回善良。后来，金甲龙兽能量消耗过多，全身没力。虫虫兽在尽最后一次努力劝暴龙改造者后，用自己的生命力注入金甲龙兽，终于消灭了基米拉兽。当暴龙改造者明白数码兽都是有生命的时候，才知道自己是错误的，变回了一乘寺贤。虫虫兽死了，使一乘寺贤非常伤心。大辅的姐姐来到营地，大辅他们刚刚好回来，便一起回家了。
第二十二话
大辅与阿武打篮球，小光为阿武加油，而大辅却出洋相。巴达兽则与迪路兽跳舞。大家来到数码世界开始重建数码世界，大辅与V仔兽希望与小光和迪路兽感情更好些，于是大辅要求V仔兽进化成成熟期。他让鼻涕兽与红鼻屎兽扮成敌人，希望V仔兽能为了救他而进化，但是失败了。后来他们遇到多达兽，被他追击。就在千钧一发之际，V仔兽终于进化成V仔兽EX（XV-MON），打败了多达兽。
第二十三话
一乘寺贤躺在床上想以前的事。他原来有个哥哥叫一乘寺智，他非常聪明。有一次，暴龙机突然来到这里，哥哥就把它放在一边。阿贤因为好奇而拿出来，就进了数码世界。出来后，哥哥很生气，勒令他不能拿。哥哥死后，他收到电子邮件，叫他不要为哥哥而自责，还叫他拿那个暴龙机。他来到了黑暗海，使暴龙机变成黑暗装甲暴龙机。阿贤醒来，并到了数码世界的开始之镇，被幼年数码兽责骂，触动了他善良的心。善良纹卡发光，一个蛋也有响应。阿贤走过去抱住那个蛋，虫虫兽的幼年期——绿叶兽诞生了。
第二十四话
伊织无法原谅一乘寺贤。而一乘寺贤因为父母非常高兴而吃了很多饭。晚上，一个神秘的女子突然出现在阿贤的房间里……第二天，当V仔兽和巴达兽试图进化时都失败了，阿武怀疑是黑暗塔的功能再次启动。突然伊织被身上无邪恶环和邪恶螺旋环的闪电球兽袭击，穿山兽突然进化成战甲兽，大家非常奇怪。后来，一只神秘的数码兽出现救下伊织并杀死闪电球兽，原来他是虫虫兽进化而成的。伊织通过这件事发现了一些东西……
由于资料残缺，第二十五和二十六话待站长找到资料以后再补充
第二十七话
V仔兽EX与飞虫兽合步进化成机甲龙兽，力量比大古加兽还强，众人觉得不可思议。大家进入暴龙改造者的基地，将善良纹卡插进动力炉。动力炉虽然停止运作，但是爆炸却未停止。阿贤发现管道，于是顺着管道找。他们发现了动力炉能量的来源，阿武和小光感到有黑暗力量。原来那里是黑暗世界的入口。那里马上就要爆炸了，就在最危急的时刻，机甲龙兽打败了大古加兽，并击毁了来源。回去以后的第二天，光子郎与他们讨论了合步进化，并确立了敌人。
第二十八话
神秘女子看了大辅他们的对话被一部电视机录下的片段，非常生气。决定认真对待被选中的小朋友。她发电子邮件给他们，叫他们到一间大屋去。那一间大屋所有的东西都是正常的30倍大。大辅、伊织和阿贤作为先头部队被蟑螂兽与古尼兽袭击，而阿武、小光和阿京也被黄蜂兽和螳螂兽袭击，被迫躲进大屋。而且那些数码兽身上都没有邪恶环和邪恶螺旋环，也没有证据证明它们是由黑暗塔变成的。当大辅等三人找到神秘女子时，飞虫兽和钢钻兽居然被控制。伊织终于明白，神秘女子吹的笛子能够控制昆虫型数码兽。他们掉了下去，粘在蜘蛛网上，蜘蛛兽正朝他们走去……
第二十九话
伊织向阿京和阿武他们求救，但他们都脱不了身。最后他们利用空调将蜘蛛网弄破。但是飞虫兽和钢钻兽依然受到控制，他们被困在抽屉里。他们想到用声音干扰笛声，由阿京来担当重任。终于成功干扰了笛声，所有被控制的数码兽恢复正常。但没想到神秘女子居然是亚基利兽！众人设了个陷阱，用胡椒粉、杀虫水和电线削弱亚基利兽的力量，机甲龙兽终于打败了她。但是原来亚基利兽有个同Party木乃伊兽，它救走了亚基利兽。
第三十话
亚基利兽越想越生气，于是想出了一个可怕的计划：用100座黑暗塔制造出一只数码兽！大辅与阿京想让伊织和一乘寺贤感情好些，于是叫穿山兽和虫虫兽一起去破坏黑暗塔。虽然穿山兽和虫虫兽的感情好了，但是伊织和阿贤识穿了他们的意图，他们的感情不但没好，阿贤更离开了。这时，亚基利兽实施了她那可怕的计划，究极体的黑战斗暴龙兽诞生了！阿京将阿贤找回来，但是机甲龙兽的实力也在它之下。最后，它使出很恐怖的一招，使所有人都晕倒了。意外的是，它居然不听亚基利兽的指挥，独自离开了。
第三十一话
黑战斗暴龙兽在寻找对手，亚基利兽则追踪它。大辅他们来到数码世界，迪路兽发现这里是她丢失神圣环的地方，于是大家去找。阿贤也在这里，他突然看到黑暗海，于是大叫。小光和阿京发现了他，三人突然进入奇怪的地方，大辅与V仔兽居然穿过他们的身体。他们来到山崖，发现类似神圣环的东西发光，阿京与小光为了捡它掉了下去。麻鹰兽不能进化，使阿京以为再也上不去而发脾气。小光打了她一下，使她冷静下来。上去后，小光和阿贤又看见了黑暗海，而且亚基利兽用黑暗塔造出暴罗刹兽。小光十分绝望，无法冷静下来，阿京也打了她一下，并鼓励她。两人心意合一，使亚古拉兽与迪路兽合步进化成人面战鹰兽，打败了暴罗刹兽并回到原来的世界。
第三十二话
亚基利兽用200座黑暗塔造了20只长毛象兽攻击黑战斗暴龙兽，却不堪一击，使黑战斗暴龙兽感到非常空虚。在战斗中，黑战斗暴龙兽突然发现一朵花，并奋力保护它。后来却因为自己有心却非常烦恼而踩死了那朵花。亚基利兽计划破坏神圣石，便造出骑士兽攻击神圣石。这时，亚古兽和黑战斗暴龙兽进行长谈，经过一段对话，亚古兽希望成为黑战斗暴龙兽的朋友，黑战斗暴龙兽似乎不反对。大辅他们正在保护神圣石，却不小心被骑士兽弄坏了神圣石。黑战斗暴龙兽突然发狂，冲过去打败骑士兽及大辅他们的数码兽，并打碎了神圣石。随着神圣石的破碎，发生了严重的空间扭曲。
第三十三话
阿京去了京都玩，光子郎则和阿贤讨论数码世界的事，其他人去阻止黑战斗暴龙兽破坏神圣石。大辅他们到达时，神圣石已经被黑战斗暴龙兽破坏，空间扭曲使黑战斗暴龙兽来到京都。阿贤收到阿京的通知，带钝钝兽去京都，将孙·悟空兽带回数码世界，并与大辅他们汇合对抗木乃伊兽。阿京遇到阿空的父亲和阿丈的哥哥，得知了一些关于数码世界与京都的联系。后来，忍者兽将武士兽送进数码世界，而黑战斗暴龙兽和其他数码兽又回到了数码世界。
第三十四话
黑战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，突然出现了一个痛苦挣扎的身影，黑战斗暴龙兽觉得那只数码兽就是它要找的目标。阿武非常愤怒，使伊织觉得很困惑。第二天，大辅他们先于黑战斗暴龙兽找到神圣石，但是亚基利兽和木乃伊兽也一起攻击。天使兽被黑战斗暴龙兽打败，突然神圣石发光，使天使兽超进化成神圣天使兽，打算用天堂之门将黑战斗暴龙兽吸走。黑战斗暴龙兽用盖亚能量炮一击打碎神圣石，使神圣天使兽退化，天堂之门消失。那个身影又再次出现。
第三十五话
黑战斗暴龙兽又破坏了一块神圣石，而且那个身影又出现了。阿贤要与大辅他们商量对策，于是打电话和妈妈说去朋友家吃饭，他妈妈非常高兴。伊织去向阿和询问阿武的事，得知了天使兽用生命封印恶魔兽的事。第二天是星期天，甲虫兽发现第六块神圣石在海底，就让小光通知大家。海狮兽找来许多海系的数码兽帮忙，集所有数码兽的攻击，终于打倒了黑战斗暴龙兽。但是它又站起来了，并用盖亚能量炮分开海，露出神圣石，这时，伊织挡在神圣石前面求黑战斗暴龙兽，使它想起那朵花而不忍心伤害伊织。最后黑战斗暴龙兽还是下定决心破坏了神圣石。
第三十六话
黑战斗暴龙兽仍在寻找最后一块神圣石，而亚基利兽和大辅他们先后来到中华街的美食店。由于飞虫兽没来到，而亚古拉兽和迪路兽体力不足，不能进行合步进化。幸好老板蛋蛋兽逃走后，亚基利兽它们想知道汤料是什么而离开了。伊织下定决心改变自己而叫大家吃拉面补充体力。木乃伊兽发现了汤料所在的池子，在喝了以后突然神圣石从池子里出来了。黑战斗暴龙兽和大辅他们同时发现。在前两对组合合步进化以后，天使兽和战甲兽也成功合步进化成古神兽，三只完全体数码兽一起对抗黑战斗暴龙兽！
第三十七话
古神兽拥有可以克制黑战斗暴龙兽的力量，集三兽之力终于打倒黑战斗暴龙兽。但是，黑战斗暴龙兽依靠顽强的意志又站起来了，并且将三兽打倒，准备破坏最后一块神圣石。大辅他们下定决心保护神圣石，便用暴龙机对准神圣石，原来被破坏了的神圣石的位置发出光芒集中于此，召唤出青龙兽！黑战斗暴龙兽已经没有足够力量与青龙兽战斗，失去生存目标的它悲哀地离开了。青龙兽则向大辅他们讲述装甲进化以及各个纹卡的含义等信息。
第三十八话
大辅他们终于将数码世界里所有的黑暗塔破坏了，同时圣诞节快到了，阿贤邀请大家到他家玩，伊织也终于原谅了阿贤，众人接受了邀请。回到现实世界后，大辅眼前突然闪过黑暗塔的形状。第二天，众人将太一等人的数码兽接到现实世界来与太一他们团聚。晚上，大辅等人去阿贤家玩，太一等人则去听阿和唱歌。突然，数码兽出现破坏了现场，而且太一发现了黑暗塔！大辅他们赶到后，破坏了黑暗塔并在暴龙兽等的帮助下将所有数码兽送回数码世界，但是，危机似乎又在逼近……
第三十九话
数码兽再次出现在现实世界，而且在日本各地都有！大辅听到阿贤住的地方有数码兽出现，便决定单独去接阿贤。三头龙兽出现在那里，大辅赶到后破坏黑暗塔并让机甲龙兽去与三头龙兽战斗。然而三头龙兽非常强大，机甲龙兽被打得无还手之力。这时，变得年轻的加来出现在众小朋友面前，并拿出青龙兽身上的一颗数码珠，放出神圣力量，大家都可以进化成完全体，并且机甲龙兽进化成帝皇龙甲兽，终于将三头龙兽送回数码世界。接着，帝皇龙甲兽又到了日本各地，在半小时内将日本的所有数码兽都送回数码世界。全世界的数码大门都打开了，加来告诉大家只有D-3才能将大门打开，于是12个小朋友将分别到6个地方，与全世界被选中的小朋友一起将数码兽送回去。
第四十话
帝皇龙甲兽将各人送到该去的地方后，到指定的地点退化。大辅来到纽约见到美美和加来的复制人，其他被选中的小朋友则将数码兽带到指定的地方。祖利兽突然发狂，花仙兽、V仔兽EX以及其他被选中小朋友的数码兽一起攻击，终于制服了祖利兽。大辅打开数码大门，将数码兽送回了数码世界。在香港，光子郎和小光见到拥有八爪鱼兽的三兄弟，准备在九龙公园将由亚洲被选中的小朋友送过来的数码兽送回数码世界。但是在穿越中国国境时受到阻拦，大家想出办法证明数码兽们是有智慧的，终于安全通过。小光他们的任务也完成了。
第四十一话
阿丈和伊织来到悉尼破坏黑暗塔。突然见到被选中的小朋友以及贝壳兽、龙虾兽和墨鱼兽，于是大家用“数码暴龙什锦海鲜攻击”吓跑它们，并追上去。突然，阿路加兽出现，海狮兽超进化成祖顿兽，与潜鲨兽一起打败了阿路加兽。巨蟹兽进化成的古尼兽破坏了黑暗塔，然后伊织打开大门将数码兽放回数码世界。巴黎那边，阿武、太一和阿武的爷爷发现凡尔赛宫有数码兽，原来是豆豆兽三兄弟。后来，还出现了炸弹兽。机械暴龙兽和神圣天使兽破坏了黑暗塔，并将这四只调皮的家伙打败，送回数码世界。
第四十二话
阿贤与阿和来到墨西哥的一个遗迹，偷偷走了进去。途中遇到拥有矿石兽的女孩，虫虫兽感到阿贤对它的感情会发生动摇。在遗迹深处发现了牛人兽和蜘蛛兽，它们逃走。出来后，兽人加鲁鲁兽、飞虫兽和矿石兽进化的角龙兽将它们击倒，送回了数码世界。莫斯科那边，阿京和阿空由于不会讲俄语，便用食物作为号令来与俄罗斯的小朋友一起作战，战斗完后觉得非常饿。本来俄罗斯的小朋友要请她们吃东西，却因为还有一些长毛象兽没收拾，并且帝皇龙甲兽又赶到，她们要立即回日本，因此阿京和阿空非常失望。
第四十三话
阿贤睡觉时梦见自己被植入黑暗种子的情景，醒来后就埋怨自己为什么记不起以前的事。女恶魔兽、海魔兽、骷髅撒旦兽（丧尸撒旦兽）出现在现实世界，众小朋友的数码兽与它们苦战。最后，所有完全体数码兽被骷髅撒旦兽打倒，而帝皇龙甲兽也被定住。光子郎明白到亚古兽他们不适应现实世界的生活，于是他们将力量给帝皇龙甲兽后，回到了数码世界。帝皇龙甲兽变身成战士形态，一击打死骷髅撒旦兽。这时，魔皇兽（究极魔兽）出现，但亚基利兽却在所有人的眼皮底下以许多被捉走的小朋友作威胁，带走阿贤。
第四十四话
众人乘阿丈哥哥的车追亚基利兽的车。在那辆车上，阿贤看到他爸爸的同事及川悠纪夫，原来他是亚基利兽和木乃伊兽的创造者，他想将阿贤身上的黑暗种子移植到被捉走的小朋友身上。并且他就是阿贤的哥哥死后发邮件给阿贤的人。人面战鹰兽与女恶魔兽战斗，被打成重伤。阿京为救被女恶魔兽捉住的人而被女恶魔兽攻击，人面战鹰兽为保护阿京而打死女恶魔兽，另一边，古神兽与海魔兽战斗。伊织和阿武到医院救人。古神兽打死了海魔兽。阿京和伊织都很矛盾，因为他们必须面对有思想和生命的数码兽敌人。雷龙兽很快要追上那辆车了，而魔皇兽也出现在那辆车面前……
第四十五话
帝皇龙甲兽战士形态、人面战鹰兽与古神兽与魔皇兽对决，但是根本伤不了他，而且他的攻击杀伤力巨大。大辅他们商量将魔皇兽送回数码世界，但是魔皇兽居然自己能打开数码世界大门，正当大家绝望时，阿贤告诉大家他的暴龙机可以打开黑暗海世界的大门。打开大门的时候，阿贤被黑暗力量攻击，十分痛苦。大家一起握住他的手，支持他。再加上三只数码兽的合力攻击，终于将魔皇兽送到黑暗海世界里，危机又一次过去了。可是黑暗种子已经移植到小朋友身体里了。
第四十六话
被移植了黑暗种子的小朋友银币和体力都有飞跃的提高，但性格却越来越差。青龙兽将能量全给了亚古兽，并告知黑战斗暴龙兽去了现实世界。黑战斗暴龙兽找到及川，用言语激他，使他非常痛苦。正当黑战斗暴龙兽想杀他时，亚古兽WARP进化成战斗暴龙兽阻止他，两兽打起来，战斗暴龙兽不断要求黑战斗暴龙兽停止攻击，但黑战斗暴龙兽不听。最后，帝皇龙甲兽战士形态与战斗暴龙兽一起攻击黑战斗暴龙兽，光子雷射、两个盖亚能量炮碰撞……黑战斗暴龙兽终于被打败，并且通过与亚古兽、V仔兽和虫虫兽的谈话明白了一些东西……
第四十七话
在数码世界里，加布兽他们正努力封印光之丘的数码大门。及川见到伊织，发现他的身份，想起以前的事。原来他和伊织的爸爸是好朋友，他们都相信数码兽的存在，并做过研究。但是伊织的爸爸早死，令他非常悲哀。一位小朋友的黑暗种子发芽开花，及川采集了那朵花，黑暗力量笼罩他的身体。黑战斗暴龙兽再次用言语激他，伊织的爷爷明白了事情的经过，希望成为及川的朋友。及川正想答应，却被黑暗力量所控制，攻击伊织的爷爷，黑战斗暴龙兽奋力挡住。知道自己快死了，黑战斗暴龙兽用意志用自己的身体封印了光之丘的大门，牺牲了。
第四十八话
众人暗中监视被植入黑暗种子的小朋友，他们集中于一个地方。及川出现，他用好象3年前太一他们回到现实世界前用来开门的钥匙卡，打算进入数码世界。大辅他们因为黑战斗暴龙兽已经封印了数码世界大门而并不惊慌。但是及川居然成功打开了大门，并和小朋友们一起进去了。大辅等人非常吃惊，跟了上去。原来他们进的不是数码世界，而是另一个世界。终极吸血魔兽（灭世魔兽、邪恶吸血魔兽）从及川身子里破出，告诉他其实他之前做的事都是终极吸血魔兽在利用他。最后，终极吸血魔兽吸取所有的黑暗之花，现真身。它残忍地杀死了亚基利兽和木乃伊兽。除大辅外，所有被选中的小朋友都被它的残忍所震慑。只有大辅勇敢地站出来，与V仔兽EX一起面对中级吸血魔兽。
第四十九话
由于大辅的勇气，使V仔兽EX的攻击居然对终极吸血魔兽很有效。但它立即使用幻影攻击。所有人都看到令自己很高兴的假象，那些假象都是自己平时所苦恼的东西的反照。但他们后来都明白过来，只有打败终极吸血魔兽，这些一切才能实现。奇迹发生，所有数码兽都可以同时使用武装进化、正常进化、超进化以及合步进化。一连串的攻击将终极吸血魔兽打得奄奄一息。但它后来进入了数码世界，吸取了数码世界的黑暗力量，强大起来，并且打算统一数码世界和现实世界。
第五十话（最终话）
地球正逐渐被黑暗力量侵蚀。大辅他们仍不断地尝试阻止终极吸血魔兽，但每次都被打倒。后来，所有被选中的小朋友的暴龙机的光的力量驱散黑暗，并使他们的数码兽进入数码世界。终极吸血魔兽的力量被削弱，但是被植入黑暗种子的小朋友泄气的话却又让黑暗力量有机可乘。大辅他们用真心的话让他们明白只要相信有实现梦想的力量，梦想一定会实现。最后，他们也有了数码兽搭档了。最后，帝皇龙甲兽战士形态用超级死亡彻底打败终极吸血魔兽。及川就要死了，他却遇上自己的数码兽搭档，使他非常感动。他用信念牺牲自己修复了数码世界。二十五年过去了，数码世界已经与现实世界密不可分了。每个小朋友都有自己的数码兽搭档，能与他们一起去冒险了！（完）
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