三、主要功绩
1、统一台湾
1）首征失利
《清史稿•列传47•施琅》载：“时成功已死，其子锦（郑经）率众欲犯海澄，琅遣守备汪明等率舟师御之海门，斩其将林维，获战船、军械。未几，靖南王耿继茂、总督李率泰等攻克厦门，敌惊溃，琅募荷兰国水兵，以夹板船要击，斩级千馀，乘胜取浯屿、金门二岛。叙功，加右都督。”（参见泉州历史网《泉州人名录•郑经》）
和谈失败
康熙元年(1662年)五月，郑成功在台湾去逝，郑氏集团遂发生分裂。在台湾的郑军将领拥郑成功之五弟郑袭继位，而在厦门的将领却推郑成功之长子郑经继位，双方兵戎相见，内部陷于混乱，“每闻风声，慌乱不堪”。
清王朝认为有机可乘，曾多次派员到厦门招抚郑经。郑经为了减轻压力，以便集中力量解决内部问题，遂派人与清朝谈判，交出南明皇帝赐给的敕书、印玺，作出愿意归顺清朝的姿态，清庭则要求台湾人众迁回内地，剃发易服。
康熙二年(1663年)六月，郑氏集团内变平息，郑经谋求割据一方，回师金、厦，率众窥视福建，便以种种理由，拒绝履行和谈条件，和谈宣告失败。
在统一和分裂的大是大非面前，施琅最先疾呼：只要郑经不肯接受招抚，就应用武力平台，迅速实现国家统一。
寓剿于抚
康熙的政策是“寓剿于抚”。康熙二年(1663年)十月，清•靖南王耿继茂、福建总督李率泰发兵攻金、厦两岛。由马得功、郑鸣骏军队及荷兰船队出泉州港向金门进攻，施琅、黄梧率队出海澄港攻厦门。郑经部队寡不敌众，金、厦失守，退守铜山（今东山）。
清政(蟹)府乘机展开了大规模的招降活动。在高官厚禄的引诱下，郑军人心浮动。康熙三年（1664年），郑军自承天府南北总督周全斌、前提督黄廷、水师统帅忠靖伯陈辉以下数十员镇将、总兵、都督共文武官员3985人降清。郑军损失兵力10余万人，大小战船900余艘，宿将精锐十去七八。面对全军即将瓦解的严重局面，郑经万般无奈，只得放弃沿海岛屿，退出厦门，率残部逃往台湾。
施琅建议，乘他率兵攻取金厦新胜，“进攻澎湖，直捣台湾”，使“四海归一，边民无患”。
《清史稿•列传47•施琅》载：“（康熙）三年（1664年，七月十日），加靖海将军。”以周全斌、杨富为副帅，率领原郑军水师部队进征台湾。
康熙三年（1664年）十一月间，施琅选择冬天偏北风的季节，首次率领舟师起航攻打台湾，不料船队航行到洋面上遇上飓风，无法行进，只得返回，连敌人的面也没有见到。
康熙四年（1665年）三月，施琅选择春季第二次发兵台湾，自铜山（东山）启航。史料记载：“乃于本月二十六日会同众伯、总兵官等，率领所有舟师开驾，驶入外洋。时因风轻浪平，驶行三昼夜，尚难于前行。二十八日，暂且依山泊船汲水。二十九日，再行开驾，又通东风迎面扑来，迫于无奈，返回菲罗。”
这次出航的前3天虽然没有碰到风浪，但是风力太小或无风，致使以风帆为动力的舰队行进速度缓慢，进展很不顺利，只得找地方抛锚休息与补充淡水，第4天船队开拔后，气象条件又发生变化，遇到了偏东迎面的逆风无法行进，只得折回。
此后的半个月里，天气一直不好，休整一周后，施琅率领船队又启程了。施琅在给皇帝的奏折中称：“本月十六日，天时晴究，臣又会同众伯、总兵官等，率领舟师开驾，进发台湾。十七日午时，臣等驶入澎湖口，骤遇狂风大作，暴雨倾注，波涛汹涌，白雾茫茫，眼前一片迷漫。”
这次出征后的天气更加糟糕，航行中突然遭遇到如此恶劣的风暴，致使“我舟师不及撤回，皆被巨浪凌空拍击，人仰船倾，悲号之声，犹如水中发出，情势十分危急。”风暴把清军船只的桅杆刮断裂，篷帆被风撕破，船桨折断，船舱漏水，船队只能随风飘荡。所幸飓风只是把船队吹散了，有少数小船被风浪掀翻，失踪人员不多，损失不是很大，连施琅自己的指挥船也被吹到了南边的广东省潮州地界，直到二十六日才返回厦门。
郑氏拒抚
当时两岸虽武装对峙，但又都有一定的和平愿望。清王朝三藩未除，经济不稳，无力用兵海上。而台湾郑氏，土地初辟，人口甚少，生产落后，经济困难，急需大陆的粮食和物资供应。且郑部大多是福建人，离家日久，思恋乡土，私下渡海来归者络绎不绝。
康熙六年（1667年），清廷派总兵孔元章赴台湾议抚，答应郑经如归顺，可封“八闽王”，郑经犹豫不决，后以“和议之策不可久，先王之志不可坠”（《海纪辑要》），拒绝清朝的招抚。
2）停议征台
《边患宜靖疏》
康熙六年（1667年）孔元章议抚失败后，施琅亲赴京師面陳攻取台湾之計，上《边患宜靖疏》，指出：“堂堂天朝，万国宾服，岂容此余灰以滋蔓患日。”
《尽陈所见疏》
《清史稿•列传47•施琅》载：“（康熙）七年（1668年），琅密陈锦负嵎海上，宜急攻之。”
“密陈”一事，指康熙七年（1668年）施琅又上了《尽陈所见疏》（王铎全校注《靖海纪事•卷上》，福建人民出版社，1983年10月）。
施琅《尽陈所见疏》指出：“伏思天下一统，胡为一郑经残蘖盘踞绝岛，而拆五省边海之地方，画为界外，以避其患？自古帝王致治，得一土则守一土，安可以既得之封疆而复割弃？”“台湾平，则边疆宁靖。防兵可减，百姓得享升平，国家获增饷税，沿边文武将吏得安心供职，可无意外罪累。”
施琅认为，对郑氏“遣官前往招抚，未见实意归诚”，强调“从来顺抚逆剿，大关国体”，对台湾问题提出“因剿寓抚之法”，主张征台宜早不宜迟，以免“养痈为患”。如“折五省边海地方划为界外”，这些地方皆“东南膏腴田园，及所产鱼盐，最为财赋之薮，可资中国之润，不可以西北长城、塞外风土为比。”且五省沿海长期划为禁界，将“钱粮动费加倍，输外省有限之饷，年年协济兵食，何所底止。”最后将造成“赋税缺减、民困日蹙”。只有迅速讨平台湾，以裁防兵，益广地方，增加赋税，俾“民生得宁，边疆永安”。
奏疏提醒康熙帝，倘若继续招抚，将拖延时日，让郑经有机会重整旗鼓，组织其众，“连结外岛，联络土番，羽翼复张，终为后患”。那时，清军“水师虽布设周密”，亦“仅能自守”而已。
施琅分析郑氏之兵力，认为有三大弱点：
一是兵力严重不足。“故明时原住澎湖百姓有五、六千人，原住台湾者有二、三万，俱系耕渔为生。至顺治十八年，郑成功亲带去水陆伪官兵并眷口，共计三万有奇，为伍操戈者不满二万。又康熙三年，郑经复带去伪官兵并眷口，约有六、七千，为伍操戈者不过四千。”而多年来“不服水土病故及伤亡者五、六千”，被清军俘虏者数千，投诚者数百人。郑氏在台湾“虽称三十余镇”，但“兵不满二万之众，船大小不上二百号”。
二是兵力严重分散。奏疏指出，郑军“散在南北二路，垦耕而食，上下相去千有余里……又且不相浃洽。……耕凿自给，失于操练”。
三是军心不稳。军中“无家口者十有五六，岂甘作一世鳏独，宁无故土之思？”且郑军“多系闽地之人，其间纵使有心投诚者，既无陆路可通，又乏舟楫可渡，故不得不相依为命”。
施琅总结指出，“郑经得驭数万之众，非有威德制服，实赖汪洋大海为之禁锢”。在此征台有利条件下，倘若仍然“差官往招，则操纵之权在乎郑经一人，恐无率众归诚之日”！反之，“若用大师压境，则去就之机在乎贼众，郑经安能自主？”
而当时福建清军“水师官兵共有一万有奇，经制陆师及投诚官兵为数不少”，只要从中挑选劲旅二万，“大师进剿，先取澎湖，以扼其吭，则形势可见，声息可通”，足平台湾。
《清史稿•列传47•施琅》载：“召诣京师，上询方略，琅言：‘贼兵不满数万，战船不过数百，锦智勇俱无。若先取澎湖以扼其吭，贼势立绌；倘复负固，则重师泊台湾港口，而别以奇兵分袭南路打狗港及北路文港海翁堀。贼分则力薄，合则势蹙，台湾计日可平。’事下部议，寝其奏。因裁水师提督，授琅内大臣，隶镶黄旗汉军。”
在朝野主抚派一片雀噪声中，康熙在看到施琅的奏疏之后，以“渡海进剿台湾逆贼，关系重大，不便遥定”为名，召施琅“从速来京，面行奏明所见，以使定夺”。
康熙七年（1668年）四月，施琅进京，归入镶黄旗汉军。王源《姚少保启圣传》记：施琅“初以为水师提督，疑其贰，召入京，罢水师提督。”（《清代碑传全集•卷15•上册》，上海古籍出版社，1987年）
康熙撤掉施琅的福建水师提督职务，任他为内大臣，不再议武力征台之事。清王朝还怀疑这些郑氏降将暗通郑氏集团，下令裁撤福建水师，将所有投清的原郑成功、郑经的官兵，调至北京归旗或分散到各省屯垦，战船全部焚弃。
康熙这样做，主要是迫于形势。表面上看，停议征台，对施琅是贬，但实际上施琅从福建水师提督调任从一品的内大臣则贬中有褒。因为主抚派在当时占了上峰，以鳌拜为首的中央保守势力以“海洋险远，风涛莫测，驰驱制胜，计难万全”为借口，把他的建议压下来。而且部分朝臣对施琅不信任。
当时对施琅的不利因素比较多：他不仅是明郑的降将，而且在1664年前后两次率兵征台未果，损失兵丁，而当时清统治集团对明郑降将又多不信任，曾下令把这些降清士兵官员迁往内地各省安插，对施琅当然也不可能例外。这种不信任当然也包括康熙在内。当13年后李光地（参见泉州历史网《泉州人名录•李光地》）向他推荐施琅为水师提督时，康熙还问李：“汝能保其无他乎？”而清政(蟹)府当时又要集中力量解决其他国内大事，所以康熙也只好下令撤兵。
投闲十三年
康熙八年（1669年）十一月甲午，兵部议：“福建水师提督施琅自海上投诚，授为右都督，今已归入镶黄旗，应照例改为精奇尼哈番（满语jingkinihafan，汉译子爵）。但施琅投诚后，劳绩甚多，请加伯衔。”从之。（《清圣祖实录•31》）
施琅虽被任为内大臣并加“伯爵”衔，但“名为内大臣而困苦不堪”（李光地《榕村续语录•卷11》，中华书局，1995年）。
李光地《皇清诰封正一品夫人施母六十一龄懿庄张太夫人墓志铭》载，入旗之初的施琅，“宦橐素薄”，致副室张氏“鬻簪珥，亲女红，以佐家，使公无入室忧。”（康熙五十四年《浔海施氏族谱》元本，引自《施琅年谱考略》）
更难过的是，施琅受到朝廷上下的轻视和漠视。正如康熙皇帝在13年后决定派施琅征台时间所说的：“尔前为内大臣十有三年，当时因尔系闽人，尚并轻尔者。”（《康熙起居注》第3册，第1785页，中华书局1984年版）
当然，对比被编入旗下受到严密监视乃至罗织罪名被杀掉的河南地方武装领袖李际遇、原明东平侯刘泽清、投降之际讨价还价、不安其位的总兵高进忠，施琅的境遇还算是好的。闲置是降清明将的普遍境遇。
任内大臣的十三年中，施琅的苦心议谏被束之高阁，无所事事，但他仍然矢志复台。施琅认为平台是闽海第一要务，而且必须以剿逼和，是一个坚决的主剿派，不轻易放弃自己的主张。
在京之日，他密切注视福建沿海动向，悉心研究风潮信候，认真总结两次进征台湾未果的教训，“日夜磨心熟筹”。
同时，施琅千方百计寻找同盟军，四处拜访在京任职的福建籍官员，阐述其主张，以俟起用。
《靖海纪事•曾炳（晋江人）“序”》记载，康熙十六年（1677年）“吾闽先生人士在都者，群诣”施琅家，向他请教“平海方略”。
李光地《榕村语录•续集•卷11》记载说：康熙十九年（1680年）七月李光地返至京城、始实授内阁学士之职时，“予初补官，渠（指施琅）时在京，……使人致意云，君来，上问将，千万为渠留意。”“〔予〕后回京，施将军时来说他的本事海上可平。”李光地通过与施琅接触、交谈，也终于改变以往认为施琅“骄狂，未必能成事”的看法，而知他“必非寻常”、“大服其智略。”（参见泉州历史网《泉州人名录•李光地》）
他“尝于朝退休闲，翻阅历代二十一史，鉴古今成败及名臣言行可法者，一一具志诸胸中”，以致朝中同僚刮目相看，誉之“儒将”。
3）复台谋略
谈判破裂
康熙亲政后，刑部尚书明珠奉旨入福建，主持和议，派知府慕天颜入台，宣示招抚之意。清廷做了重大让步，允许郑氏封藩，世守台湾。郑经则提出：“苟能照朝鲜事例，不薙发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣”（江日升《台湾外记》）。
康熙则认为，台湾是中国的领土，不能与藩属朝鲜相提并论，答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人”（《明清史料丁编》第三本）。康熙不愿台湾成为独立于中国之外的国家，故谈判破裂。
三藩叛乱
康熙十二年（1673年）十一月，平西王吴三桂据云南叛清。十三年（1674年）三月，靖南王耿精忠反于福州，不久，定南王尚之信也在广东反清，史称“三藩叛乱”，中原战火弥漫。
远在台湾的郑经趁“三藩”乱起之机，与吴三桂、耿精忠勾结，从康熙十三年（1674年）起西渡入闽、粤作战，纵横于东南沿海达６年之久。郑军不断骚扰广东、福建沿海地区，占领厦门与漳州、泉州、潮州、惠州各地，此后即以海澄、金门、厦门为据点，与清军隔海对峙，清朝曾四次派员劝说郑经退回台湾，均未奏效。（参见泉州历史网《泉州人名录•郑经》）
东南沿海百姓深受其害。
一是郑军的筹饷。康熙帝于康熙十六年（1677年）二月十四日谕户部说：“闽地经海孽扰害，又遭逆贼暴征横敛，民困已极”（《清圣祖实录•卷65》）。
二是清军的索饷征役。清政(蟹)府为进攻郑军，向福建等地派驻了大批的满汉官兵，他们索饷征役，“盘踞民房”，将弁和地方官吏趁机对百姓进行敲诈勒索，对此，康熙帝也是承认的。他在康熙十九年（1680年）谈到料理福建回京官兵船只事时即指出：“朕闻往来官兵，所用船只人夫，皆借端勒索，恣意骚扰，往往额外多派，折价入己，沿途生事，毒害地方。又辄将纤夫肆行鞭挞，小民深以为苦。各该篮将军不加禁制，任其妄行。地方官复行苛敛，希图分取，互相隐饰。种种私弊，甚为可恶。”（《康熙起居注•十九年七月十七日》）
三是再度迁界海禁。郑军卷土重来，迫使清政(蟹)府再度实行迁界海禁政策。康熙十六年（1677年）十月，清廷决定在广东“仍照原界严行禁止”通海（厦门大学台湾研究所、中国第一历史档案馆编辑部编《康熙统一台湾档案史料选辑•福全等题复尚之信请申海禁事本》，福建人民出版社，1983年）。五个月后，康熙帝又指示议政王大臣等：“海寇盘踞厦门诸处，勾连山贼，煽惑地方，皆由闽地濒海居民为之藉也。应如顺治十八年立界之例，将界外百姓迁移内地，仍申严海禁，绝其交通”（《清圣祖实录•卷72》），对郑军实行全面封锁。迁界使沿海人民流离失所，生活无着。对此，康熙帝同样是了解的，他指出：“贫苦之民，一旦迁徙，必弃田舍，难以为生，殊可悯恻”（《清圣祖实录•卷72》）。（参见泉州历史网、《清初迁界》、《海丝之路没落篇•清•迁界》
康熙深知平台不是一件易事。康熙十七年(1678年），他就要姚启圣等遴选福建水师提督，条件“非才略优长，谙练军事不可。”康熙十八年（1679年）七月间，姚启圣曾先后两次上疏，保举施琅为福建水师提督、靖海将军，但清廷都以“万正色效力茂著、特拣补福建水师提督”为由，驳回他的题请（《康熙统一台湾档案史料选辑•议政王等题复姚启圣疏请施琅以将军总统水师事务本》）。万正色则加紧建造战船，编练水师，准备进攻金、厦。（参见泉州历史网《泉州人名录•万正色》）
招降活动也从未停止，而且规模更大，条件更加优厚，如对投诚的官员保留原职或按原衔补官，士兵赏银20—50两不等。由于清朝的封锁和诱降，郑军土地日蹙，财源枯竭，士气低落，人心涣散，先后又有5陆镇、5水镇官兵共10余万人降清。
郑氏退守台湾
转战数年，吴三桂失败，郑经孤军难支。康熙十九年(1680年)，郑经在金门、厦门被闽浙总督姚启圣击败；二月，万正色率水师攻下海坛，并乘胜南下厦门；海澄、丙州守将相继投降。郑军水师著名将领朱天贵也率官员600余人，兵2万余名，舰船300余艘献铜山降清。郑经在大陆的最后一块地盘失守，仅领千人逃回台湾，沿海岛屿悉为清军占领。
从此，郑经沉湎于酒色，不问政事，令长子郑克臧为监国主政。
清廷首议用兵台湾
康熙十九年（1680年），三蕃之乱基本平定，西北噶尔丹叛乱也暂告平息，社会生产有了一定恢复和发展，沉默多年的主张以武力进取台湾的意见，又逐渐抬头。姚启圣在清军攻取厦、金等岛后，就奏请由他统兵进征澎、台。这是施琅入为内大臣后，在清政(蟹)府内部首次提出的用兵台湾的意见。
清廷讨论如何解决台湾问题，反对武力攻取台湾的人很多，如兵部侍郎温代、刑部尚书介山、户部尚书梁清标，水师提督万正色更是竭力反对进攻台湾，因而引起姚、万之间的争论。（参见泉州历史网
www.qzhnet.com《泉州人名录•万正色》）
《清代官书记明台湾郑氏亡事•卷2》载：
“及提督万正色等进兵克海坛、厦门、金门，启圣复奏请身往澎湖、台湾攻取。上命与巡抚、提督等详议具奏。
正色因奏言：‘澎湖远悬外洋，仅有三澳可泊，且港口迫狭，不能联舟而进。台湾及外国荒远之区，其隘口浅狭，仅可方舟，一人守险，万夫莫开。卒遇风涛，驻泊无所，粮运不继，将为大忧。今逆贼郑锦等窜处台湾，分遣伪镇，已扼澎湖之险。并力穷追，或成困斗，徐行招纳，必自归诚。况闽海残黎既遭饥馑，又苦借派，息兵休民，犹恐未靖，劳师动众，将何以安？臣愚，窃谓今日之计，宜沿海设戍，以固疆隅，不可轻议进兵，以滋劳扰。’
启圣又奏：‘郑锦不灭，则广东、浙江、福建山海之寇终难殄绝。臣愿亲督水师进取台湾。’
上谕：‘台湾应否进取，令侍郎温代会同尚书介山、侍郎吴努春、总督姚启圣，巡抚吴兴祚、提督杨捷、万正色等速行确议以闻。’
至是，温代等奏复：‘宜如正色言。’”
福建的封疆大吏对这个问题也存在不同的看法，时兵部侍郎温代、刑部尚书介山、礼部侍郎吴努春恰在福建，所以康熙帝即令他们和福建的督、抚、提一起讨论这个问题。从讨论的结果看，是万正色的主张占了上风，所谓“宜如正色言”。
姚启圣并不气馁，是年八月又上疏称：“台湾断须次第攻取，永使海波不扬。此款在臣必欲亲率舟师剿灭台湾，永除后患。”（《康熙统一台湾挡案史料选辑•姚启圣题为详议平海善后条款事本》）
当时大学士明珠也是反对马上用兵台湾的。他于康熙十九年（1680年）八月初四日奏称：“闽疆新定，逋逃残寇姑徐俟其归命，再若梗化，进剿未晚。”（《康熙起居注•十九年八月初四日》）
最后，康熙帝于康熙十九年（1680年）八月初五日谕兵部：“台湾、澎湖暂停进兵，令总督、巡抚等招抚贼寇。如有进取机宜，仍令明晰具奏”（《清圣祖实录•卷91》）。康熙帝的态度是做两手准备：先行招抚，若不能奏效，就遣师攻取，把“剿”摆到议事日程了。
这主要是因为：
一、清军刚刚夺取厦门、金门等岛屿，他希冀利用战胜的余威，以收招抚之效。
二、进攻台湾必须依靠福建水师，而水师提督万正色则坚决反对武力进取，他的意见还取得了兵部侍郎温代等人的支持。对大学士明珠的态度康熙帝也不能不予注意的。
三、康熙帝不熟悉海战，而进攻郑氏必须远渡台湾海峡，对此，他始终持谨慎态度。后来在施琅复任水师提督进取台湾前后，康熙帝还谈到“朕向于陆地用兵之处，筹算可以周悉，今海上情形难于遥度”（《康熙起居注•二十一年五月二十一日》）；“海上风涛不测，涉险可虞，是以朕不强之使进”（《康熙起居注•二十二年闰六月二十六日》）。
四、清廷长期以来招抚郑成功、郑经均遭失败，不能寄托太大希望，所以康熙帝又必须谕命寻找战机，准备攻台。
以抚为善之方略
《清史稿•列传47•施琅》载：“二十年，锦死，子克塽幼，诸将刘国轩、冯锡范用事。”
康熙二十年(1681年)正月，郑经病死，他的两个儿子为争*****位而自相残杀。二月，郑克塽（参见泉州历史网《泉州人名录•郑克塽》）的岳父、权臣冯锡范与郑经弟郑聪等共谋，杀死郑经长子郑克臧，拥立年仅12岁的郑经次子郑克塽嗣位。实际上，权力全掌握在冯锡范手中，形成“文武解体，主幼国疑”的混乱局面。郑氏集团已成为一个割据政权，丧失了人民的同情和支持。
在军事上，为了防御清军进攻台湾，郑军加紧修理战船，增强防御部署。以中提督武平侯刘国轩为总督守澎湖，在澎湖修筑营垒炮台。以左武卫何祜为台湾北路总督，守鸡笼(今基隆市)、淡水，重修西班牙人遗留下来的城堡。由于兵力不足，只得征集乡兵分守要口，百姓怨声载道，变乱时有发生。
康熙帝得到姚启圣关于台湾内部情况的密报，觉得收复台湾的时机已到。康熙排除了众多反对意见，决定采取“剿抚并用”的方针，“底定海疆”。
康熙面对台湾海峡和郑军现状（约有四、五万军队）以及满清入关后连年征战，国力不强的情况，根据赖塔、施琅和姚启圣的意见，决定：“恤兵养民，与天下休息”，“以抚为善之方略”，“亦因剿寓抚之指针，可先抚后剿，先礼后兵”。
关于“以抚为善之方略”是指：“不登岸受制，不剃发易俗，不改换衣冠的优厚条件下称臣归来”。这是康熙历次招抚最优厚的政策。
当时，在郑氏政权中有主战和主合两种势力：主战派是侍卫大臣冯锡范为代表，他积极勾结日本对抗统一，企图成立*****；主合派是以谘参军陈永华和监国的郑克臧为代表，主张接受康熙提出台湾高度自治的“三不”方案。然而，郑氏政权却拒绝这个方案，把自己推向灭亡。
施琅受命
《清史稿•列传47•施琅》载：“（康熙二十年，1681年，七月）内阁学士李光地奏台湾可取状，因荐琅习海上事，上复授琅福建水师提督，加太子少保，谕相机进取。琅至军，疏言：‘贼船久泊澎湖，悉力固守。冬春之际，飓风时发，我舟骤难过洋。臣今练习水师，又遣间谍通臣旧时部曲，使为内应。俟风便，可获全胜。’”
《清圣祖实录•卷96》亦载，康熙二十年(1681年）七月二十八日，清廷再次任命施琅“仍以右都督充福建水师提督，总兵官，加太子少保”。
康熙此次重新起用施琅“谋划进取台湾事宜”，与施琅的同乡大学士李光地很有关系。
据《清史稿》有关记载，康熙曾先后两次就福建水师提督人选事征求过李光地的意见。第一次李答以施琅“海上路熟，海上事他亦知得详细，海贼甚畏之”。第二次康熙就“命将”问题又一次征求他的意见，他认为“计量起来还是施琅”。理由是施琅是“海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人还有谋略，为海上所畏”。（参见泉州历史网《泉州人名录•李光地》）
康熙赞扬施琅熟悉彼处地形、海寇情形，要“克期统领舟师进取澎湖、台湾”。并认为如果不派遣施琅去，“台湾所不能定”。施琅离京赴任前，康熙又语重心长地说：“尔至地方当与文武各官同心协力，以靖海疆。海氛一日，则民生一日不宁。尔当相机进取，以副朕委任至意。”
施琅受命返回福建，相机进取台湾。
诏许专征（《密陈专征疏》）
《清史稿•列传47•施琅》载：“（康熙）二十一年，给事中孙蕙疏言宜缓征台湾。七月，彗星见，户部尚书梁清标复以为言，诏暂缓进剿。琅疏言：‘臣已简水师精兵二万、战船三百，足破灭海贼。请趣督抚治粮饷，但遇风利，即可进行，并请调陆路官兵协剿。’诏从之。”
康熙二十二年（1683年）一月，施琅上《密陈专征疏》（《靖海纪事•卷上》）要求专征台湾，即军事指挥由他独自决策。
疏中，施琅分析：“澎湖一得……我师暂屯澎湖，扼其吭，拊其背，逼近巢穴，使其不战自溃，内谋自应。不然，俟十月小阳春时候，大举进剿，立见荡平。”
进而就气候与风向问题，提出乘夏季南风东征台湾的主张，指出“春夏之交，东北风为多，我船尽是顶风顶流，断难道进……莫如就夏至南风成信，连旬盛发，从铜山开驾，顺风坐浪，船得联综齐行，兵无晕眩之患，深有得于天时、地利、人和之全备”，郑军斯时“反居下风下流”，“进不得战，退不能守”。
但朝廷内部不断有人上疏反对说：“天下太平，凡事不宜开端，当以静为主。”
康熙帝以“海外一隅，尚赖王化”为理由进行廷议时，大多廷臣都认为“海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全。”（康熙《御制文一集•卷14》）
在其意见被否决后，施琅又执意坚持，九月再次上书，力主出兵。
康熙帝虽然认为人臣不该有这样的“妄奏”，但他还是网开一面，把施琅的意见交大臣讨论。大学士明珠赞成施琅的意见，认为“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往则未免彼此掣肘”，主张“着施琅一人进兵似乎可行”。
有明珠的附和，康熙帝立即破例表示同意明珠意见。福建总督姚启圣只管后勤供应，与施琅和衷共济，保证施琅出征的粮食和物资供应。
康熙批准“专征”之后，施琅大受鼓舞，“日以继夜，废寐忘食，一面整船，一面练兵，兼工制造器械，躬亲挑选整搠”，历时数月，使原来“全无头绪”的水师“船坚兵练，事事全备”。
4）战略抉择
先澎湖后台湾
康熙二十二年(1683年)一月，施琅《密陈专征疏》一方面提出专征台湾，另方面提出在南风盛发的五、六月出兵，首先攻取澎湖的作战方案。
可是，在乘冬季北风或乘夏季南风东征台湾的问题上，清廷有不同意见。总督姚启圣、巡抚吴兴祚等坚持九、十月北风起时两路出击或先攻台湾，后攻澎湖。他们认为东北风迅猛，清军可占上风、上流之势。
两派意见相反，相持不下，结果给反对进兵台湾论者提供借口，上疏康熙帝要求“暂停台湾进剿”。康熙帝征台决心没有动摇，但却同意了乘冬季东北风进军台湾的主张。
十月，康熙帝谕施琅负专征台湾之职。施琅修改了分两路进攻澎湖和上淡水的作战方案，决定集中兵力进剿澎湖，尔后下台湾。
这是因为：
第一，“澎湖是台湾四达的咽喉，外卫之藩屏，先取澎湖，胜势已居其半”(施琅《边患宜靖疏》）；“我军暂屯澎湖，扼其吭，射其背，逼其巢穴，使其不战自溃，内谋自应”（《康档•康熙二十二年闰六月十一日•施琅题为郑克塽专差赍书求托事本》）。
第二，郑军的主力集中在澎湖，又是由郑军中威望最高的大将刘国轩指挥，如果将其全歼，则“台湾可不战而下”(李光地：《施将军逸事》)。
第三，施琅认为台湾海峡的东北风季势虽猛，却骤发骤息，战船在海上不仅容易被吹散，而且不能抛锚定泊，再加此如果从金门直接攻台湾，有二百多公里，从澎湖到台湾仅五十多公里，后援线太长，如果迂到守军顽抗，进攻就难以持久。攻台应当采取突然偷袭，并且是稳打稳扎，逐步推进的办法。
乘南风进兵（《舟师北上疏》）
康熙二十一年(1682年)九月，施琅奉命率领舟师二万一千多人，由厦门移师北上。据施琅《舟师北上疏》（《靖海纪事•卷上》）云，十一月初三日，大军“抵兴化平海卫澳”。十二月二十三日放洋，驶往澎湖，不料海上“忽转东风，乃止”。十二月二十七日，大军自平海卫开驾，“又转东南顶头，再收平海”。
两次实践证明，乘东北季风东征台湾，貌似合理，但实际上是难以成功的。
鉴于以往的教训，施琅把选择出兵的季节、时间、风等条件作为一件大事，派专人查阅气候资料并进行了实地海情和风的观测，基本熟悉和掌握了海峡地区的气象情况，得出夏季台湾地区高温高温多雨，能见度较好，特别是在偏南风向下，风速和缓顺畅，得出了有利于舟师上横渡海峡的气象条件和结论。
战前清军将领们制定了比较周密的作战计划并做了充分准备。但对于选择北风还是南风的风向出兵这样一个关键问题，当时军内也存在不同意见，众将领之间还发生过激烈争论。
对“总督、提督称南风不如北风”的争执，施琅批驳说：“夫南风之信，风轻浪平，将士无晕眩之患，且居上风上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜。”
面对有的将领主张采用北风进兵，他多次向皇帝上书陈述自己的意见，就南风和北风对航海军事的影响优劣做了比较。他说：“乘夏至南风成信，当即进发捣巢。盖北风刚硬，骤发骤息，非常不准，难以预料；南风柔和，波浪颇恬，故用南风破贼，甚为稳当。”这在当时世界气象科技尚不发达的17世纪是十分难得的，最终他说服了其他将领。
施琅经过了长期对气象和气候规律的观察摸索，了解和认识到夏季里海峡洋面上台风发生率虽高，但是并不是天天都刮狂风，只要能够避开台风等恶劣天气的袭击，就可以挑选出一段良好天气顺利出航进行作战。
鉴于以往遇到大风浪的失败教训，他在挑选出兵季节上反复斟酌，最终重新提出于夏季农历六月份出洋，乘南风进兵的主张。由于有十二月两次乘东北风的失败，持东北风论者也就没有什么理由反对施琅的持南风论了。因此，乘南风进兵的方案得到清廷批准。
可是，施琅的乘南风攻取澎湖的决策，仍然处处受制。康熙二十二年（1683年）四月，施琅完成征台的一切准备工作，宁海将军喇哈达、侍郎吴努春，“会同督臣姚启圣，统率舟师开驾至铜山，以俟夏至后南风成信，联舡进发”。可是，姚启圣突然以“进剿海贼，关系重大之旨”为由，“随转意不前，而三军侧听，一尽解体”。
此时，宁海将军喇哈达、侍郎吴努春二人却密陈兵部，颠倒黑白诬告施琅“称南风不如北风”，欲陷施琅于欺君之罪的境地。
5）澎湖之战
郑军阵势
康熙二十二年(1683年)正月，刘国轩得知清军即将进攻台湾，乃进一步加强防御。以忠诚伯冯锡范为左提督，守鹿耳门。
五月，刘国轩再增兵澎湖，总兵力达2万余人，并有大小炮船、鸟船，赶缯船、洋船、双帆船船等战船近200艘，分戍澎湖各要地。
此外，在娘妈宫、风柜尾、鸡笼山、四角山、内外堑、西屿头、牛心湾和醵屿等处，均添筑炮城十四座。在便于登陆的地段，还筑造了二十多里的女墙壕沟短墙，派兵把守。
战略决战
清•康熙二十二年(1683年)五月，康熙帝见招抚不能成功，遂命施琅进兵。
六月，在清收复台湾之战中，福建水师提督施琅率水师于澎湖与郑经水师进行战略决战。
关于这场决战，《清史稿•列传47•施琅》的记载是：
“（康熙）二十二年(1683年)六月，琅自桐山攻克花屿、猫屿、草屿，乘南风进泊八罩。国轩踞澎湖，缘岸筑短墙，置腰铳，环二十馀里为壁垒。琅遣游击蓝理以鸟船进攻，敌舟乘潮四合。琅乘楼船突入贼阵，流矢伤目，血溢於帕，督战不少卻，总兵吴英继之，斩级三千，克虎井、桶盘二屿。旋以百船分列东西，遣总兵陈蟒、魏明、董义、康玉率兵东指鸡笼峪、四角山，西指牛心湾，分贼势。琅自督五十六船分八队，以八十船继后，扬帆直进。敌悉众拒战，总兵林贤、朱天贵先入阵，天贵战死。将士奋勇冲击，自辰至申，焚敌舰百馀，溺死无算，遂取澎湖，国轩遁归台湾。克塽大惊，遣使诣军前乞降，琅疏陈，上许之。”
铜山誓师出兵
康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）晨，在姚启圣准备了充足饷需的支持下，已经63岁高龄的施琅在福建铜山（今东山）誓师，率领大型战船300余艘、中小战船230余艘，以提标署右营游击蓝理（参见泉州历史网《泉州人名录•蓝理》）为先锋，在夏至前后的西南风风轻浪平时出发，二万多水师分三路向澎湖进击。
军抵西屿
经过一天一夜航行，六月十五日，清军到了澎湖的第二大岛西屿（今渔翁岛）的西南边的猫屿、花屿和草屿等岛屿，夜泊澎湖南大门八罩岛。
在海上巡逻的郑军哨船发现后，即报知刘国轩，刘国轩闻讯，急命镇守狮屿头、风柜尾、鸡笼山、四角山、内堑、外堑、东峙、牛心湾等各要点之将领，把大炮移到海岸，以防清军寄泊，传令各水师将领驾驶大烦船、鸟船、赶缯船，环泊于娘妈宫前和内堑、外堑、东峙、西峙各要口，准备迎战。
宣毅左镇请求乘清军远航疲惫，立足未稳之机主动出击，遭到拒绝。刘国轩认为炮城严密，清船无处可泊，只待风暴突起，将不战而溃。时值天晚，清军战船湾泊八罩以西的水坟澳。邱辉又欲进攻，刘国轩仍坚信日内必有大风，按兵不动。
澎湖初战
十六日晨，施琅直取澎湖本岛，两军在澎湖海面初战。清先锋蓝理率7船冲阵，击沉和焚毁郑船数艘。标右营千总邓高匀等驾船5艘，又击沉郑船3艘。
时值南潮初发，清军数船争先，未能保持好战斗队形，互相冲撞，不成行列。有几艘船被潮水冲近炮城，郑军乘机齐出包围，右武卫林升率船队奋勇冲杀，清军稍却。施琅亲督诸船冲入敌阵，与兴化镇吴英前后夹攻，救出数船，力战得脱。
因天色将晚，清军水师收拢后，在西屿头洋中锚泊。邱辉又建议乘胜连夜出击，刘国轩寄希望于台风，坐失战机，不敢乘胜追击。
经一天激战，郑军损失兵将2000余、船只16艘，清军损失小于郑军，施琅右眼负伤。当晚，施琅率舟师泊于西屿头。
十七日晨，施琅率舟师驶回八罩水垵澳湾泊，严申军令，查定功罪，赏罚官兵；并议每镇督大鸟船6只，各配精兵，于十九日再战。
十八日，施琅率师出战，总兵吴英进取虎井、桶盘二屿。
十九日，施琅率罗士珍、张胜、何应元、刘沛、曾成等坐小赶缯船，深入郑军腹地内堑、外堑侦察。
二十日，施琅遣使招降刘国轩，被拒绝。
二十日、二十一日，用赶缯、双帆艍船分作两股，佯攻内堑、外堑，以分敌势，麻痹郑军。
在十六至二十一日6天的战斗里，多数时间内都刮着柔和的偏南风，使处于上风方向的清军可以趁风势扬起风帆快速前进冲击敌人。起初战斗双方互有胜负，但郑军始终处于逆风被动不利的态势，具备了与守御澎湖的郑氏集团主将刘国轩决战的条件。
总攻决战
清军经过3天的休整和准备之后，于六月二十二日（1683年7月16日）发起总攻。
战斗打响后，清军得用西南风优势，分前、中、后三路进攻守军。随征都督陈蟒、魏明、副将郑元堂等领赶缯、双帆艍船共50艘，由东畔直入鸡笼屿、四角山，为奇兵夹攻；以随征总兵董义、康玉、外委守备洪天锡领赶缯、双帆艍船共50艘，由西畔内堑直入牛心湾，作疑兵牵制；施琅与朱天贵、吴英等率船56艘，分作8股，每股7船，各作3迭，居中主攻。
对中路主力船队，施琅周密部署。将其分为8股，每股7艘战船，又各分作3叠。施琅居中率一股，兴化镇吴英领一股居左，平阳镇朱天贵、前营游击何应元合领一股居右，金门镇陈龙领一股在次左，署中营参将罗士珍、署右营游击蓝理、署后营游击曾成合领一股在次右之右，署铜山镇陈昌领一股在次左之左，海坛镇林贤领一股在末右，厦门镇杨嘉瑞领一股在末左。以上三路清军船队同时向守岛郑军发起总攻，直捣娘妈宫。另有80余只战船留为后援。
第二次大会战开始。此时，刘国轩闻外堑山顶嘹望炮连发，却一反常态，立即指挥各船齐起帆碇，从娘妈宫出而迎战。当时澎湖守军数量略少于进攻方，但郑军占据澎湖各要点，虽占有优势却处于逆风逆水地位。
郑军战船分为炮船、鸟船、赶缯等数种，其中炮船安设红衣大炮1位，重三四千斤，船头两边安设发烦20余门、鹿铳一二百门，有很强的攻击力。但清军士气高昂，按照施琅制定的作战方针，迅速变换成“五点梅花阵”阵法，以5艘战船攻敌船一艘，集中兵力各自为战。“巳刻，南风大发，南流涌起，(施琅)遂下令扬帆联进。风利舟快，瞬息飞驶，居上流上风之势，压攻挤击，一可当百；又多用火器、火船，乘风纵发，烟焰弥天”(阮曼锡《海上见闻录》)。
两军酣战竟日，声闻数百里。从早晨到下午“炮火矢石交攻，有如雨点，烟焰蔽天，除尺莫辨。”
刘国轩见清军各用命争先，便令刘明督其右镇尤俊、龙骧左镇庄用、侍卫中镇黄德、右镇蔡智、骁翊协蔡添、领旗镇林亮、勇卫前镇曾遂、中提督总理陈国俊、右武卫随征二营梁麟、水师二镇前锋镇营李富、左营张钦、水师三镇右营许瑞、水师四镇右营林耀、折冲左镇左营陈勇、右提督后镇左营王受等，乘鸟船、炮船、赶缯船、双帆艍船，合艅齐击。
郑军以数船围一，接连击沉邱辉、曾瑞、黄德、吴逊、吴福、王受等船。刘国轩发火箭喷筒，毒焰冲天。激战中，清总兵朱天贵战死，林贤前来援救，被困于下风，清军数只战船齐来，与林贤内外夹攻，击沉击伤郑船2艘，郑军退。游击兰理中炮“腹破肠流出，为掬而纳诸腹，持匹练缚其创。理呼杀贼，麾兵进”（《清史稿•卷261•兰理传》）。
施琅督清军拚死力战，东西两翼清军战船亦至，施琅命3路齐进，以众击溃，用火船乘风纵发。
当天，共焚毁、击沉和俘获郑军大小战船近200艘（其中大贡船三十七艘，大乌船五十二艘，其他船一百零七艘），郑军死伤各级将领300多名，歼灭郑军主力12000多人，缴获许多船只和武器装备，很快攻克澎湖列岛。澎湖陆上守备将领果毅中镇杨德等165人、士兵4853人投诚。清军官兵阵亡329人，负伤1800余人，船只无损失，可谓大获全胜。
刘国轩惨败，浮尸遍海。吼门水浅，清军未加堵御。刘国轩见诸军已丧没大半，恰遇水涨风顺，只是因地形熟悉，刘国轩才率领小炮船3艘、小鸟船2艘、赶缯及双帆船26艘和几百名将士从水浅礁险的吼门岛屿遁逃回台湾。施琅令陈蟒率快哨追擒。陈蟒港路不熟，未及。时至黄昏，施琅鸣金收军，打旗招降。
胜败分析
此战，交战双方的兵力大体相当，郑军经营澎湖多年，设防据守，以逸待劳；清军渡海作战，远来疲惫。郑军处于有利态势，而结果却一败涂地，全军覆没。除政治腐败，士气不高以外，指挥上的失着应是一个重要原因。
首先，是防御部署上的错误。郑军只注意防守八罩水道以北的北大山、西屿、北山等大岛，而忽视了在八罩水道以南的八罩、虎井、桶盘、花屿、猫屿等诸小屿设防，使南来的清军水师得以乘虚入据，成了清军驻泊、休整和出击的前进基地。
其次，是消极防御，贻误战机。
当清军水师经过30多小时的航行，抵近澎湖时，郑军宣毅左镇邱辉对刘国轩说：“乘彼船初到，安澳未定，兵心尚摇，辉愿领烦船十只，同左虎卫江胜贯阵却之。”建威中镇黄良骥也说：“先发制人，半渡而击，正合兵法。”刘国轩却说：“炮台处处谨守，彼何处湾泊?当此六月时候，一旦风起，则彼何所容身?此乃以逸待劳，不战可收全功也。”遂按兵不动，使清军水师得以顺利到达澎湖，环泊花、猫二屿。
邱辉又建议“乘夜潮落，冲舟宗击之”，又遭拒绝。
十六日，清军出战不利，千帅受伤。邱辉建议乘胜夜袭，刘国轩仍以等待飓风使彼自覆为由未予采纳。邱辉说：“兵法有云：半渡可击，立营未定可击，乘虚可击；今敌患三者，而不乘其势，若早晚无风，合万人为一心而死战，将奈何?”
刘国轩不听部属的合理建议，三次放弃歼敌的有利战机，把取胜的希望完全寄托在可期而不可必的风暴上，结果是风未至而兵已败。《清史稿•列传47•施琅》载：“及战，云起东南，国轩望见，谓飓作，喜甚。俄，雷声殷殷，国轩推案起曰：‘天命矣！今且败。’”
第三，是冒险决战，全军覆没。郑军的作战方针本来是以澎湖为重点设防固守，刘国轩本人也不愿主动出击，而是指望海上风暴会使清军不战而败。既然如此，那末就应该充分利用防御工事，保存有生力量，避免与清军决战。刘国轩见不及此，当施琅发起总攻时，亦率全部海上兵力迎战，终于全军覆没。
清军之所以取胜，除战船装备精良，将士作战勇敢之外，也是与作战指挥的正确分不开的。《清史稿•列传47•施琅》载：“琅治军严整，通阵法。尤善水战，谙海中风候。”在指挥上有许多独到之处。
在渡海时间上，他一反在东北风季节渡海的传统，选在西南风始发的六月中旬。
《清史稿•列传47•施琅》载：“将出师，值光地请急归，问琅曰：‘众皆言南风不利，今乃刻六月出师，何也？’琅曰：‘北风日夜猛。今攻澎湖，未能一战克。风起舟散，将何以战？夏至前后二十馀日，风微，夜尤静，可聚泊大洋。观衅而动，不过七日，举之必矣。即偶有飓风，此则天意，非人虑所及。郑氏将刘国轩最骁，以他将守澎湖，虽败，彼必再战。今以国轩守，败则胆落，台湾可不战而下。’”
这种选择曾经遭到姚启圣等人的强烈反对，但施琅始终不为所动。实战证明，这一选择是正确的，它保障了清军水师在发起总攻前的安全锚泊。
在渡海航路上，以往从大陆到台湾，都从金、厦出航，而施琅一反惯例，把出航点选在靠南的铜山岛。因为水师从铜山出航后可利用西南风，直取澎湖以南郑军未设防的诸岛屿，以作为前进基地，然后向北转入澎湖海域，这样便始终处于顺风顺流的有利阵位。实战证明，这种选择是正确的，取得了预期的效果。
在战术上，集中兵力，速战速决。澎湖海域六月多风，深谙海情的施琅是知道的，在初战小挫之后，便立即抓紧再战准备，并不失时机地发起总攻。施琅除分兵二路，从东、西两个方向进行佯动和箝制以外，在主攻方向上集中了56艘主力战船，并以五船合攻一船，逐次歼灭了郑军主力，而清军水师却无一船损失，这在海战史上是不多见的。
政治争取
此后，施琅又一面加紧军事行动，一面对郑氏集团施以大义，进行招抚。
澎湖战败，郑军几乎全军覆没，郑克塽等极为恐慌。施琅进行政治争取工作，澎湖海战结束后，有人向施琅进言：“公与郑氏三世仇，今郑氏釜中鱼、笼中鸟也，何不急扑灭以雪前冤？”施琅却说：“吾此行上为国，下为民耳。若其衔璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之与有？”还与将士“焚香戒约，一不妄杀”。（施琅《靖海纪事•富鸿基序》）
他还向郑氏手下声明“断不报仇！当日杀吾父者已死，与他人不相干。不特台湾人不杀，即郑家肯降，吾亦不杀。今日之事，君事也，吾敢报私怨乎？”（李光地《榕村语录•续集•卷11•本朝时事》）
他对郑军官兵无论是归顺的，还是被俘的，一律采取优待安抚政策。“所获敌卒，悉放归弗杀；带伤者济以医药，给以口粮”（施琅《靖海纪事•富鸿基序》），有欲归见妻子者派小船送至台湾。800名伤残者医治之后，释放回台，令他们宣示招抚之意。对澎湖居民，除多方抚慰之外，还宣告免除3年徭税差役，以利休养生息。所有这些，对安定台湾的民心士气，起了重要的作用，台湾民众“莫不解体归心，唯恐王师之不早来”（《海上见闻录》）。
施琅以澎湖为据点，整船治军，拟于八月或十月，乘北风进军台湾。台湾闻郑军在澎湖惨败，人心惶惶，兵无斗志。此后，清廷对台湾加紧招抚，对台湾郑氏集团的上层人物，开展了政治攻势，把重点放在郑军的统帅刘国轩身上。
施琅对杀他子侄的刘国轩，施琅在俘虏中找到刘国轩的亲信，对他说：“我决不与为仇，他肯降，吾必保奏而封之公侯，前此各为其主，忠臣也。彼故无罪，吾必与之结姻亲，以其为好汉也。”甚至还当场“折箭立誓”（李光地《榕村语录•续集•卷11•本朝时事》）。促使刘国轩极力主降，并派兵监视郑氏子孙。
6）郑氏纳降
在施琅大军压境之下，郑氏已无抵抗能力，台湾出现“众志瓦解，守也难，不如举全地板图以降”（江日昇《台湾外纪•卷6》），于7月5日遣使到施琅军中奉表纳降。驻守上淡水的虎卫镇何义也向施琅投降。
康熙帝接到奏报，召集百官商议，有大臣建议诛灭台湾郑氏九族，以报郑成功举兵抗清之仇。康熙帝严厉斥责道：“君子以德报怨，不可耿耿于怀于旧隙。台湾兵民同为炎黄子孙，理应共乐升平。”于是传旨施琅：“澎湖已克，台湾荡平似秋风之扫落叶。如能诚心归降，则既往不咎，可将前罪尽行赦免，仍加恩安插，务令所得。”
七月十九日，施琅派人到東宁出示軍民髡发及各項投降清单。
《清史稿•列传47•施琅》载：“（康熙二十二年，1683年）八月，琅统兵入鹿耳门，至台湾。克塽率属薙发，迎於水次，缴延平王金印。”
八月十一日，施琅留水陆官兵3000名、大小战船30艘守澎湖，亲率舟师开往台湾。
八月十三日，施琅率领舟师進入台湾，到达台湾鹿耳门港（今台南市西北），登陆台湾。刘国轩等带领文武官员军前迎接，各乡社百姓亦沿途“壶浆迎师”。十五日，举行受降仪式，郑克塽率領已經髡发的東宁王国文武百官投降。二十三日，施琅率吴英、刘国轩等巡视台湾南北两路。
施琅攻取台湾之后，疏请朝廷礼待投降的郑氏幼主及其将帅。清•康熙二十二年（1683年）十月初六，施琅派船遣送郑克塽、冯锡范、刘国轩等并眷属由台湾至泉州，并把他们送往北京。
十一月二十二日，清军班师至澎湖。二十七日返抵厦门，台湾遂告统一。
7）报捷
施琅从1662年上疏议请复台，至1683年统一台湾，20余年百折不挠，终酬夙愿，卒成大业。康熙把台湾的归附看成是施琅为清朝“扫数十年不庭之巨寇，扩数千里未辟之遐封。”
《清史稿•列传47•施琅》载：“台湾平，自海道报捷。疏至，正中秋，上赋诗旌琅功，复授靖海将军，封靖海侯，世袭罔替，赐御用袍及诸服物。琅疏辞侯封，乞得如内大臣例赐花翎，部议谓非例，上命毋辞，并如其请赐花翎。”
康熙二十二年（1683年）九月初十日，康熙晋封施琅为靖海侯，世袭罔替，令其永镇福建水师，“锁钥天南”。
他在施琅封侯的“制诰”中，对施琅大加表彰，指出：“以尔忠勇性成，韬钤夙裕，兼能洞悉海外形势，特简为福建水师提督，前往相度机宜，整兵征进（台湾）……”“（台湾）自明朝以来，逋诛积寇，始克殄除。海外遐陬，历代未录疆索。自今初辟，悉入版图。此皆尔矢心报国，大展壮猷，筹划周详，布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。”准許在澎湖大山屿妈宮城內及台南城內样仔林街建生祠，称为“施将军祠”，並賜以在台湾广大的勋业地称为“施侯租田园”、“施侯大租”的收纳统归清朝在台衙门代行，並保送至北京转交施琅世袭业主。
台南县的将军乡即因施琅将军而得名。
2、台湾弃留之争
廷外的争论
施琅征台之前，清廷早有台湾弃留之争。清廷多北方人，对台湾的历史、地理、物产全然不了解，更不知台湾在国防上的重要地位，而且惮于海上艰险。清廷所以要略取台湾，其根本原因在于要消灭郑氏政权，以杜绝后患。
郑氏政权灭亡、台湾刚统一的那年，即康熙二十二年（1683年）年底，朝廷内外便发生了一场关于台湾弃留的大争论。
廷外的争论，发生在福建。《清史稿•列传47•施琅》载：“遣侍郎苏拜至福建，与督抚及琅议善后事。有言宜迁其人、弃其地者。”
《恭陈台湾弃留疏》
在台湾尚未统一、时机还不成熟的时候。施琅对台湾弃留问题只表示“但二穴克扫之后，或去或留，臣不敢自专”（《靖海纪事•卷上•飞报澎湖大捷疏》）。
但是，郑克塽投降、台湾回归后，面对苏拜等人放弃台湾的主张，施琅坚决反对，力排众议，力陈留台的重要性，坚持保有台湾。
康熙二十二年（1683年）十二月二十二日，施琅呈《恭陈台湾弃留疏》（全文见《靖海纪事•卷下》，《清史稿•列传47•施琅》有摘要），全文如下：
“太子少保、靖海将军、靖海侯、兼管福建水师提督事务、臣施琅谨题。为恭陈台湾弃留之利害、祈睿裁事：
窃照台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道迂回，乃江、浙、闽、粤四省之左护；隔离澎湖一大洋，水道三更余遥。查明季设水澎标于金门所，出汛至澎湖而止，水道亦有七更余遥。
台湾一地，原属化外，土番杂处，未入版图也。然其时中国之民潜至、生聚于其间者，已不下万人。郑芝龙为海寇时，以为巢穴。及崇祯元年，郑芝龙就抚，将此地税与红毛为互市之所。红毛遂联络土番，招纳内地人民，成一海外之国，渐作边患。至顺治十八年，为海逆郑成功所攻破，盘踞其地，纠集亡命，挟诱土番，荼毒海疆，窥伺南北，侵犯江、浙。传及其孙克塽，六十余年，无时不仰廑宸衷。
臣奉旨征讨，亲历其地，备见野沃土膏，物产利薄，耕桑并耦，鱼盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，无所不有。向之所少者布帛耳，兹则木棉盛出，经织不乏。且舟帆四达，丝缕踵至，饬禁虽严，终难杜绝。实肥饶之区，险阻之域。逆孽乃一旦凛天威，怀圣德，纳士归命；此诚天以未辟之方舆，资皇上东南之保障，永绝边海之祸患，岂人力所能致？
夫地方既入版图，土番、人民，均属赤子。善后之计，尤宜周详。
此地若弃为荒陬，复置度外，则今台湾人居稠密，户口繁息，农工商贾，各遂其生，一行徙弃，安土重迁，失业流离，殊费经营，实非长策。况以有限之船，渡无限之民，非阅数年难以报竣。使渡载不尽，苟且塞责，则该地之深山穷谷，窜伏潜匿者，实繁有徒，和同土番，从而啸聚，假以内地之逃军闪民，急则走险，纠Party为祟，造船制器，剽掠滨海；此所谓藉寇兵而赍盗粮，固昭然较著者。
甚至此地原为红毛住处，无时不在涎贪，亦必乘隙以图。一为红毛所有，则彼性狡黠，所到之处，善能鼓惑人心。重以夹板船只，精壮坚大，从来乃海外所不敌。未有土地可以托足，尚无伎俩；若以此既得数千里之膏腴复付依泊，必合Party伙窃窥边场，迫近门庭。此乃种祸后来，沿海诸省，断难晏然无虑。至时复动师远征，两涉大洋，波涛不测，恐未易再建成效。
如仅守澎湖，而弃台湾，则澎湖孤悬汪洋之中，土地单薄，界于台湾，远隔金、厦，岂不受制于彼而能一朝居哉？是守台湾则所以固澎湖。台湾、澎湖，一守兼之。沿边水师，汛防严密，各相犄角，声气关通，应援易及，可以宁息。况昔日郑逆所以得负抗逋诛者，以台湾为老窠，以澎湖为门户，四通八达，游移肆虐，任其所之。我之舟师，往来有阻。今地方既为我得，在在官兵，星罗棋布，风期顺利，片帆可至，虽有奸萌，不敢复发。
臣业与部臣苏拜、抚臣金鋐等会议之中。部臣、抚臣未履其地，去留未敢进决；臣阅历周详，不敢遽议轻弃者也。
伏思皇上建极以来，仁风遐扬，宜声远播，四海宾贡，万国咸宁；日月所照，霜露所坠，凡有血气，莫不臣服。以斯方拓之土，奚难设守，以为东南数省之藩篱？
且海氛既靖，内地溢设之官兵，尽可陆续汰减，以之分防台湾、澎湖两处。台湾设总兵一员、水师副将一员、陆师参将二员，兵八千名；澎湖设水师副将一员，兵二千名。通共计兵一万名，足以固守。又无添兵增饷之费。其防守总兵、副、参、游等官，定以三年或二年转升内地，无致久任，永为成例。在我皇上优爵重禄，推心置腹，大小将弁，谁不勉励竭忠？然当此地方初辟，该地正赋、杂饷，殊宜蠲豁。见在一万之兵食，权行全给。三年后开征，可以佐需。抑亦寓兵于农，亦能济用，可以减省，无庸尽资内地之转输也。
盖筹天下之形势，必求万全。台湾一地，虽属多岛，实关四省之要害。勿谓被中耕种，犹能少资兵食，固当议留；即为不毛荒壤，必藉内地挽运，亦断断乎其不可弃。惟去留之际，利害攸系，恐有知而不言。如我朝兵力，比于前代，何等强盛，当时封疆大臣，无经国远猷，矢志图贼，狃于目前苟安为计，划迁五省边地以避寇患，致贼势愈炽而民生颠沛。往事不臧，祸延及今，重遗朝廷宵旰之忧。
臣仰荷洪恩，天高地厚，行年六十有余，衰老浮生，频虑报称末由。熟审该地形势，而不敢不言。盖臣今日知而不言，至于后来，万或滋蔓难图，窃恐皇上责臣以缄默之罪，又焉所自逭？故当此地方削平，定计去留，莫敢担承，臣思弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉。
会议之际，臣虽谆谆极道，难尽其词。在部臣、抚臣等耳目未经，又不能尽悉其概，是以臣于会议具疏之外，不避冒渎，以其利害自行详细披陈。但事关朝廷封疆重大，弃留出自干断外，台湾地图一张，附马塘递进御览。缘系条议台湾去留事宜，贴黄难尽，伏乞皇上睿鉴施行。”
朝庭内的争论
朝中也出现了关于台湾弃留问题的激烈争论。《清史稿•列传47•施琅》载：“疏（施琅《恭陈台湾弃留疏》）入，下议政王大臣等议，仍未决。”
廷议大多倾向“弃台”，认为“此一块荒壤无用之地耳，去之可也”（《靖海纪事•卷下•恭陈台湾弃留疏•附录“八闽绅士公刊原评”》）；“得其地不足以耕，得其人不足以臣。”“孤悬海外，易薮贼，欲弃之”。连康熙帝也一度认为：“台湾仅弹丸之地，得之无所加，不得无所损”(《清圣祖实录•卷112》)。
甚至极力支持施琅统一台湾的内阁大学士李光地也认为“应弃”，“台湾隔在大洋以外，声息皆不相通”，可以“空其地，任夷人居之而纳款通贡，即为贺兰(荷兰)所有亦听之”(《榕村语录•续集•卷11》)。
台湾被纳入中国版图
在施琅等人的力争下，康熙权衡利害关系，最后赞同施琅的意见，决定留住台湾，说：“台湾弃取，所关甚大。弃而不守，尤为不可”（《康熙起居注•二十三年正月二十一日》）。
清廷经过八个月对台湾弃留之争后，康熙二十三年(1684年）正月二十一日，“福建提督施琅请于台湾设总兵一员，副将一员，参将二员，兵八千；澎湖设副将一员，兵二千，镇守其地。”经过大臣们的商议，认为台湾应当设兵守卫为宜。
《清史稿•列传47•施琅》载：“上召询廷臣，大学士李霨奏应如琅请。寻苏拜等疏亦用琅议，并设县三、府一、巡道一，上命允行。”
康熙二十三年（1684年)四月，台湾第一次被納入中国版图，设台湾府与台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，设官治理，与厦门合设道官1员。
《清史稿•列传47•施琅》载：“琅又疏请克塽纳土归诚，应携族属与刘国轩、冯锡范及明裔朱桓等俱诣京师，诏授克塽公衔，国轩、锡范伯衔，俱隶上三旗，馀职官及桓等於近省安插垦荒。复疏请申严海禁，稽核贸易商船，命如所议。”
康熙优待郑氏，称：“尔等从前抗违之罪，全行赦免。仍从优叙录。”（《清圣祖实录•卷111》）。郑克塽受封正黄旗汉军公，刘国轩授天津卫左都督总兵。
3、治台
《祭郑成功文》
康熙二十二年（1683年）八月廿二，施琅特地备办祭品，亲自庙祭郑成功，“亲为文，祭成功，语简要，得大体，而微寓其不仇故主之意”(《靖海纪事•施襄壮受降辩》)，留下有名的《祭郑成功文》。文曰：
“自南安侯（郑芝龙）入台，台地始有居民（大量泉、漳移民)。逮赐姓（郑成功）启土，世为岩疆，莫可谁何！今琅赖天子威灵，将帅之力，克有兹土，不辞灭国之诛，所以忠朝廷而报父兄（应为“父弟”）之职也。但琅起卒伍，于赐姓有鱼水之欢，中间微嫌，酿成大戾。琅与赐姓，剪为仇敌，情犹臣主。芦中穷士，义所不为。公义私恩，如是而已！”
祭文短小精悍，情深意挚，坦率表白施琅的三点态度：（一）肯定郑成功三代开基、光复、建设，台湾才成“岩疆”，谁也无法否定。（二）说明自己担当风险，不怕失利灭家之诛，专征台湾，是要效忠朝廷，并雪父弟之仇。仰赖康熙领导，将士用命，才获全胜。（三）叙述自己与郑成功原有“鱼水之欢”，虽因“中间微嫌”，“酿成大戾”，“剪为仇敌”，但“情犹臣主”。杀降报仇，江湖之士“义所不为”。不杀郑氏子孙，使其归顺清朝，服从祖国统一大业，是存“公义”与报“私恩”，也只能这样做。
祭文表现了施琅坦荡的胸怀，产生极大的政治影响，使台湾人心安定，迅速统一，得到康熙好评。
《收用人才疏》
台湾初定，对郑氏遗留人员，清政(蟹)府曾下一道“一刀切”的命令，规定“康熙十三年（1674年）以后，凡投诚功未至八等者，追札归农”。为此，施琅上《收用人才疏》（《靖海纪事》），力陈此非用人之道。
施琅提出：“善用人之道，用之不可以拘例，弃之尤不可以骤促。”“若以功未至八等，循例而弃之，已至八等循例而用之，是徒循资格以待人”。“未至八等者，其才略未必皆逊于已八等之员；已至八等者，其才略未必能胜于未至八等之员。”
施琅提出用人之道必须是“唯择其精练勇敢者而蓄之”。
施琅又指出，倘若按未至八等者弃之，那么“于台湾新附人员，亦有勇敢、历练者。一旦弃之，未免屈其已效之力，而辜其已归命之心”，是不利于台湾社会稳定的。
是故，施琅建议由督抚、提将在闽省“亲行考验”，择优录用，“洪开格外隆恩”，充分发掘人才，以人尽其用，“于国家未必无少裨也”。况乎前者“郑克塽现蒙优加公爵，冯锡范、刘国轩现授伯爵，国轩更叨天津总兵之任”。
加意抚绥
施琅率师到台湾后，在《祭台湾山川后土文》中说：“（台湾）幅员既入舆图兮，版籍已登庙堂。”在《谕台湾安民生示》说：“念（台湾）土地既入版图，则人民旨属赤子，◇保抚绥，倍常加意。”规定“官兵不许占住民居，弁目不许包乡社”，“市肆买办，照依民价无亏”，“断不允供称官办应用，一丝一毫侵取民间”。并发布《严禁犒师示》等三个告示，严申纪律，严禁骚扰，严禁犒师，买卖公平，减租四成。
对郑氏遗留的士卒，依其“系外省者，分发外省各府县原籍安插；系本省者，即交各府县原籍安插”；“愿归农者，则听其归农；愿逐伍者，则暂拨在从征各镇营农伍。”
同时，“以台地肥沃，土旷人稀，奏设官庄，召民开垦，按其所入，以助经费。”（连横《台湾通史•卷8•田赋志•官庄》，商务印书馆，1983年10月）
通过这些措施，深得台湾人民（尤其拥郑臣民）和原住民的欢迎，对安定民心起了良好的作用。因此，“市肆不惊，耕耘如故，士民壶浆箪食以迎”（《靖海纪事•襄壮公传》）；“各乡社百姓，以及土番，壶浆迎师，接踵而至……咸皆欣欣踊跃。”
力请蠲减租赋（《壤地初辟疏》）
台湾统一后，康熙二十三年（1684年）七、八月间，即令福建当局议定台湾钱粮数额，大多认为“其地沃饶，赋宜厚。”工部侍郎苏拜等也坚持“所议钱粮数目，较伪藩郑克塽所报之额，相去不远。”
为此，施琅上《壤地初辟疏》（《靖海纪事•卷下》），主张“轻赋薄敛”，核减数目。
施琅据实指出，台湾初定，郑氏的“文武官员、丁卒，与各省难民相率还籍，近有其半，人去业荒”。
他坚决否定工部侍郎苏拜等的意见，认为“在郑逆当日，伪称一国，自为一国之用度，因其人地，取其饷赋，未免重科。”
对于苏拜提出兴贩东洋之台湾白糖一事，施琅指出，台湾兴贩东洋白糖一项，岁定额二万石，“不足之数，听其在本省(福建)之内采买”，运抵台湾，再由台湾兴贩东洋。“何本省(福建)而不可兴贩(东洋)，必借台湾之名，买白糖赴彼(东洋)兴贩？”施琅直接点破，此皆苏拜等“虑彼(台湾)中之钱粮不敷，婉为筹度凑足良法”。由此可见，台湾“钱粮一时未能裕足故也”。
施琅认为，台湾初定，即加重赋税是行不通的。现在如若重征赋税，则“道府责成所系，必奉行催科”，兼以郑氏时所征“乃时银，我之所定者乃纹银，纹之与时，更有加等”，其结果终难“保无酿成地方之祸”。因此力主“海邦新造，正宜轻税敛，以示国恩。”
最后，施琅指出，他所以议守台湾，“非以因其地而可以加赋也”，守台湾实属“关系数省地方安危”。目前对台湾的“留心安集抚绥，俾回民乐业，亿兆欢戴”，正是为了“数年后，人户盛繁，田畴悉易，赋税自尔充溢，斯时有增无减，岂待按数而征哉”!
由于施琅极力坚持，康熙帝不但批准裁减台湾当年应纳税谷十分之四，而且次年又减赋额十分之四。从而使台湾赋税较郑氏时期几乎下降百分之六十（山田伸吾《台北县下农家经济调查书》）。从而使台湾人民得以休养生息，有力地刺激了当地人民的生产积极性，促使台湾经济迅速复苏。
通商兴贩
台湾统一后，随着海疆的开发，人口的增加，农业生产的发展，台湾商贸活动也日益兴盛，纷纷出海贸易。“台湾商船皆漳、泉富民所造，渡海贸易，以博赢利，一时商务繁盛”（连横《台湾通志•卷20•粮运志》）。台湾大商人“人置渔舟，家有商舶”（徐怀祖《台湾随笔》，载《水方壶斋舆地丛书》）。
当时台湾颇负盛名的“三郊”、“郊商”，“各拥巨资，以操胜算。”“南至南洋，北及天津、牛庄、烟台、上海，舶舻相望，络绎于途，皆以安平为往来之港。”（连横《台湾通志•卷25•商务志》
反对“迁界”
施琅一向关心沿海百姓的安宁，一开始就坚决反对“迁界”。他说：“自古帝王致汉，得一土则守一土，安可以既得之封疆而复割弃？”可惜，他的这一高见，一直到1683年他率兵统一台湾后再“请于朝”，沿海迁民才“悉复其业”。
于是被弃的民田“渐次垦辟”，从福建到广东，沿海“禾麦”，“一望良畴”。
民众无限感激，称：“台湾未平，此皆界外荒区。平后，而荒烟野草复为绿畦黄茂，圮墙颓垣复为华堂雕桷。微将军（施琅）平海，吾等无以安全于永久也。”
立严规以限开海（《论开海禁疏》、《海疆底定疏》）
在海禁问题上，施琅先是他主张开海禁，海禁既开，又要求严加限制。连横《台湾通史•卷7•产役志》（商务印书馆，1983年10月）记：“克台之岁，旨下福建督抚，凡渡台者禁带家眷，而琅亦请申海禁，不许惠、潮之人入台，故多漳、泉人。”
施琅“请申海禁”，见之施琅上康熙帝的《论开海禁疏》和《海疆底定疏》（《靖海纪事》）。
施琅《论开海禁疏》认为，“安不忘危，利当思害，苟视为已安已治，无事防范，窃恐前此海疆之患，复见不远。”“台湾、澎湖新辟，远隔汪洋，设有藏机叵测，生心突犯，虽有镇营官兵汛守，间或阻截往来，声息难通，为患抑又不可言矣！至时必有以禁止贸捕之议复行。”因此建议对出海贸捕相应进行必要的管理与限制。
在《海疆底定疏》里，施琅一方面肯定“深念海宇既清，生灵涂炭多年，故大开四省海禁，特设官差定税，听商民贸捕，群生感沛之均沾”。另方面却主张立严规以限开海，即所谓“展禁开海，固以恤民裕课，尤须审弊立规”。
其理由如下：
其一，防止郑氏残余势力与沿海商民勾结卷土重来。
施琅说，“海禁既展，沿海内外多造船只，飘洋贸易、捕采，纷纷往来，难以计算，水师汛防无从稽察。”特别是郑氏残余势力尚存，如“南之柬埔寨，尚有伪镇杨彦迪下余孽黄进，聚艘百余号；北之浙江乌洋，尚有房锡鹏残Party及抚而复叛之刘会，集艘数十只”。
施琅认为海禁既开，“内地人民、奸徒、贫乏不少”，若随意赴海外，则内地人口“渐见日稀”。因此提出，“赴南北各省贸易并采捕渔船”，要由督、抚、提“画定互察牵制良规，以杜泛逸海外滋奸”。施琅且以“前此海疆之患，复见不远”为警语，提醒康熙帝重视。
康熙帝接受施琅的奏请，如连横《台湾通史》所云的“旨下福建督抚，凡渡台者禁带家眷”；“不许惠、潮之人入台”；入台人员需经厦、台的海防同治批准、给照。
这种消极政策，皆源于预防大陆人民与郑氏残余势力的勾结。开始时，主观上以为单身渡台人民“皆无妻孥……其志在力田谋生，不敢稍萌异念”。但是时间一长，弊端也就出来了，所谓“客庄居民，从无眷属，合各府、各县数十万之倾……无室家宗族之系累，欲其无不逞也难矣。妇女渡台之禁既严，又不能驱之使去，可为隐忧”。（蒋炳钊、田钿点校：蓝鼎元《鹿洲全集•卷11•粤中风闻台湾事论》，厦门大学出版社，1995年）
因此后来，蓝鼎元吁请“凡民人欲赴台耕种者，必带有眷口，方许给照载渡，编甲安插”。（蒋炳钊、田钿点校：蓝鼎元《与吴观察论治台湾事宜书》，厦门大学出版社，1995年）
其二，关于商民出国贸易问题。
施琅提出必须压制中小商民自由进行海外贸易。
施琅说，海禁既开，“贩洋贸易船只，无分大小，络绎而发，只数繁多，资本有限，饷税无几。不惟取厌外域，轻慢我非大国之风；且借公行私，多载人民，深有可虑。”即商民自由出海贸易是有伤国体，特别是怕商民与郑氏残余势力勾结。
施琅认为，“台湾难民，尚荷皇上德意，移入内地安插。今内地之人，反听其相引而之外国，殊非善固邦本之法”。再三强调“虽许其贸易，亦须有制，不可过纵”。
最后，以警言上康熙帝：“我朝御极以来，凡有梗化，精骑一到，率土咸服；独此海氛，积年负抗，调拨劳费，动关亿万，未获削平”，所以应该“思患预防，不可一日废弛。”
稳定台局
施琅的父亲和弟弟为郑成功所杀，其后，在郑经时代，他的家族又有70余人死于郑氏之后。但施琅不修旧怨，正确对待郑氏后裔和部属，从未对郑成功的后代采用过任何的报复手段，不杀郑氏一人，郑氏人众俱得妥善安置，稳定台湾的社会和经济秩序。
《清史稿•列传47•施琅》也记载：“人谓琅必报父仇，将致毒於郑氏。琅曰：‘绝岛新附，一有诛戮，恐人情反侧。吾所以衔恤茹痛者，为国事重，不敢顾私也。'”
入台后，施琅果不食言。不仅不杀郑家一人，见到降清的郑克塽等人时，与之“握手开诚，矢不宿怨。”将郑克塽、刘国轩和冯锡范等郑氏重要官员，以及晚明宗室，一并载入内地，送督抚妥善安排。对刘国轩等有功人员授予爵秩，予以重用。“礼待优厚，出郑氏望外”（《靖海纪事•施德馨“襄壮公传•施襄壮公受降辩”》）。
4、驻防厦门
在福建水师提督任上，施琅先后两次向康熙提出年老退休要求，康熙两次挽留。
《清史稿•列传47•施琅》载：“（康熙）二十七年（1688年），入觐，温旨慰劳，赏赉优渥。上谕琅曰：‘尔前为内大臣十有三年，当时尚有轻尔者。惟朕深知尔，待尔甚厚。后三逆平定，惟海寇潜据台湾为福建害，欲除此寇，非尔不可。朕特加擢用，尔能不负任使，举六十年难靖之寇，殄灭无馀。或有言尔恃功骄傲，朕令尔来京。又有言当留勿遣者，朕思寇乱之际，尚用尔勿疑，况天下已平，反疑而勿遣耶？今命尔复任，宜益加敬慎，以保功名。’琅奏谢，言：‘臣年力已衰，惧勿胜封疆之重。’上曰：‘将尚智不尚力。朕用尔亦智耳，岂在手足之力哉？’命还任。”
施琅不但善于征战，而且高度重视建设，驻防厦门时，创下不少业绩。
康熙二十年（1681年)清军占领厦门，总督李率泰令堕岛城，厦门一片荒凉。康熙二十二年（1683年）台湾统一后，施琅除上表《恭陈台湾弃留疏》筹措开发台湾外，还及时上表奏请重建厦门城、开通海禁开展海上贸易，为把厦门建成为通商口岸作出贡献。
康熙二十二年至二十四年（1683—1685年），施琅重建并拓展厦门城，恢复厦门的生产秩序，使厦门“圮墙险垣复为华堂雕桷”。该城于1919年拆除，现在工人文化宫后尚存城垣一堵。
康熙二十三年（1684年），施琅在鹭江海滨辟建海关大馆，在原塔仔街辟建厦门海关监督署，俗称户部衙门，占地数千平方，依山而筑，规模宏伟，高处可以观海。民国初年由末料武状元黄培松（参见泉州历史网《泉州人名录•黄培松》）改建为江夏总堂。
康熙二十四年（1685年），施琅除在岛上部署兵营外，又在城中心建成福建水师提督署，还配建有“足观堂、澄心堂、八风亭、方池怪石”诸景观，署前巨榕成荫，无数白鹭巢栖其上，是厦门称为“鹭岛”的标志。
施琅还在提督署后“凿海筑提，引流入池”，“因地高下，为斋为亭……”，辟建了一座“各极幽旷”的大型宾馆“来同别墅”。从当时郑纟赞祖的《来同别墅记》，可以看出施琅又是一个园林设计师。来同别墅除接待往来官员外，同时接待“外国之梯航来此者”，可谓厦门最早的国际宾馆。现在厦门的新华路与大同路交界处的民巷中，仍可找到来同别墅的断柱残础。
施琅还是厦门各重要旅游景观的保护者和建设者。据《厦门志》载，厦门南普陀，“初名泗洲，宋•治平（1064一1067年)间改普照院，元•至正间废，明•洪武间毁于兵……国朝康熙间，靖海将军施琅重建，改名南普陀，左右有鼓山钟山，有洞名‘六月寒洞’；左有云巢，又有石笕以引水。”可见施琅当时重建南普陀已初具规模。
厦门万石植物公园最重要的景观，即万石岩，“国朝康熙间，施琅建寺”，即今之万石莲寺。
施琅平台凯旋后，在厦门城西建朝天宫崇祀妈祖，原址已毁。（参见泉州历史网《泉州人名录•妈祖》）
施琅晚年致力于公益事业，还于晋江、泉州、厦门等地修桥造路，兴办学校。他在厦门今将军祠路兴建施氏宗祠和施氏家塾——鹭津书院，在家乡兴建施氏大宗祠（参见泉州历史网《泉州祠堂•衙口施氏宗祠》）等。
